07 2024 档案

利用bwa将自己的数据与参考基因组比对与sam格式转换

摘要：1.bwa的下载与安装 https://www.jianshu.com/p/19f58a07e6f4 主要参考这篇帖子，如果之前的步骤都走通了的话，依赖什么的不用特别安装，报错了再补也可以安好了之后，进到他的路径，输./bwa,就可以确认bwa有没有安装好了，环境设置好以后可以在其他地方输入bwa 阅读全文

posted @ 2024-07-17 17:06 0321-A0510 阅读(310) 评论(0) 推荐(0) 编辑

fastqc和Trimmomatic的使用

摘要：1.FastQC分析检测报告在先前的记录中，我们已经得到了我们的QC报告，现在要针对我们的报告对原始数据进行过滤其中和都表明该数据需要去接头，并对序列进行处理 2.Trimmomatic的下载首先，使用conda安装Trimmomatic conda install Trimmomatic 阅读全文

posted @ 2024-07-16 22:42 0321-A0510 阅读(167) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GBFF文件转GFF文件

摘要：从NCBI上下载下来的GBFF文件，使用python脚本可以转化为GFF文件 https://blog.csdn.net/weixin_42677653/article/details/116398985 这个脚本可以直接使用，将py脚本文件和你要处理的文件夹放一起，然后进入这个文件夹，输入：pyt 阅读全文

posted @ 2024-07-12 18:04 0321-A0510 阅读(422) 评论(0) 推荐(1) 编辑

FastQC使用记录

摘要：1.FastQC的下载，安装 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc 在这里下ZIP包，这个是已经编译过的，打开设好路径就能用。注意：FastQC使用之前记得安装好Java Developmen 阅读全文

posted @ 2024-07-12 17:43 0321-A0510 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何通过SRA Tools处理从NCBI获得的SRA数据

摘要：1.安装SRA Tools 通过SRA Toolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据，但是速度较慢，Aspera虽然快，但是难点在于找NCBI的源文件地址，而且SRA Toolkit好像可以调用Aspera（虽然还没找到方法）具体操作可以参考这个帖子，下载安装很容易，主要是配置环境要配置好，不阅读全文

posted @ 2024-07-10 17:36 0321-A0510 阅读(152) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何从NCBI上下载ATAC-seq数据

摘要：如何从NCBI上下载数据——使用ASCP下载数据 1.下载ASCP https://cloud.tencent.com/developer/article/2368150 2.获取NCBI上的ACCESSION IDs ①.在NCBI-SRA上检索自己想要数据。 ②.拉到最底下，选择send to 阅读全文

posted @ 2024-07-10 09:30 0321-A0510 阅读(96) 评论(0) 推荐(0) 编辑