摘要：蒙特·卡罗分子模拟计算 蒙特·卡罗分子模拟计算 使用蒙特·卡罗方法进行分子模拟计算是按照以下步骤进行的： 1． 使用随机数发生器产生一个随机的分子构型。 2． 对此分子构型的其中粒子坐标做无规则的改变，产生一个新的分子构型。 3． 计算新的分子构型的能量。 4． 比较新的分子构型于改变前的分子构型的 阅读全文
rosetta deep_analysis
2018-07-14 16:41 by 丨o聽乄雨o丨, 476 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：此小程序可以分析backrub，enzdes类的聚类logo分析，详细路径是： /home/wangq/Programs/rosetta_2018.09.60072_bundle/tools/protein_tools/scripts/deep_analysis 帮助文档： design_analy 阅读全文
rosetta对称性文件(rosetta symmetry file)的产生及应用
2018-07-14 16:01 by 丨o聽乄雨o丨, 761 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：针对对称性PDB 3UKM，使用make_symmdef_file.pl脚本，可以执行产生对称单元及对称文件： 参数意义： Here we are using symmetry to model an already-symmetric starting protein. This is calle 阅读全文
linux查看cpu个数，线程数及cpu型号
2018-07-10 16:27 by 丨o聽乄雨o丨, 8732 阅读, 2 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1.查看CPU逻辑id physical id : 0physical id : 1 2.查看物理CPU个数 2 3.查看每个物理CPU中core的个数 cpu cores : 10 4.查看逻辑CPU的个数 40 5.查看总线程数量 40 6.查看CPU信息（型号） 40 Intel(R) Xeo 阅读全文
使用AMBER中遇到的一些问题
2018-06-26 21:26 by 丨o聽乄雨o丨, 6331 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误，导致 check不过关，也无法 saveamberparm： 错误原因：AMBER不能识别用 阅读全文
centos7挂载新加4T硬盘到/home目录
2018-06-15 14:51 by 丨o聽乄雨o丨, 18211 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：以下操作均在root环境下运行。 1.查看硬盘 发现硬盘为/dev/sdb 大小4T 2.如果此硬盘以前有过分区，则先对磁盘格式化： 此命令会对整个磁盘格式化 3.对新磁盘进行分区，由于fdisk仅支持2T以内磁盘分区，但该磁盘大于2T，所以使用parted进行GPT格式分区： 4.查看磁盘参数： 阅读全文
Amber TUTORIAL 4b: Using Antechamber to Create LEaP Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field (GAFF)
2018-06-08 18:18 by 丨o聽乄雨o丨, 1635 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢： sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”。 2.转换为mol2 阅读全文
Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer
2018-06-06 15:50 by 丨o聽乄雨o丨, 1922 阅读, 1 推荐, 收藏, 编辑
摘要：Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology 阅读全文
Amber中的一些option设置及名词
2018-06-05 22:11 by 丨o聽乄雨o丨, 1371 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：详细请见AMBER官方文档第18章第6节（18.6） Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1 Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velo 阅读全文
Amber TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein
2018-06-03 22:20 by 丨o聽乄雨o丨, 1486 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb，可以在PDB数据库下载。 pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备。 --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER)，--reduce会对pdb加氢(H)。命令执行完成后需要对产 阅读全文