摘要：1. Prepare Input File $ tleap >source leaprc.protein.ff14SB > loadoff mg.off > mol = loadpdb wt1mg.pdb > source leaprc.water.tip3p > solvateBox mol TI 阅读全文
Amber learning note A8: Loop Dynamics of the HIV-1 Integrase Core Domain
2018-05-30 20:55 by 丨o聽乄雨o丨, 576 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑服务器非root安装gcc 4.8.5
2018-05-02 16:50 by 丨o聽乄雨o丨, 2377 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1.下载gcc-4.8.5: 2.解压gcc： 3.安装依赖三大件，会自动顺序安装gmp、mpfr、mpc 4.创建编译目录： 5.编译并重置环境变量(不重置部分边境变量的话会报不能包含当前路径之类的错)： 6.安装： 7.设置环境变量 注意： 1.部分环境变量需要重置，根据个人情况又不尽相同，一般 阅读全文
centos7安装Amber16 && AmberTools
2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 5793 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安装包： $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文
calibur处理ROSETTA输出的多个结构文件，clustering
2018-01-24 10:21 by 丨o聽乄雨o丨, 527 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：下载网址：https://sourceforge.net/projects/calibur/ 安装： 安装完成后，会产生calibur和calibur-lite两个可执行文件。 添加环境变量： 安装及配置完成。 用法： 1. 首先需要把所有pdb文件的名称制成一个列表； 2. 运行calibur； 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--RosettaLigand Docking
2018-01-23 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 3925 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：时间不充分，简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先，非标准残基都需要转换成.params文件，使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain= 阅读全文
TM-align TM-score安装
2018-01-16 22:17 by 丨o聽乄雨o丨, 2393 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台：Linux 下载下来的为TMtools，压缩包里包含TM-align 阅读全文
使用openbabel进行小分子底物构象搜索
2018-01-07 20:35 by 丨o聽乄雨o丨, 3743 阅读, 1 推荐, 收藏, 编辑
摘要：使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种： 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象，然后使 阅读全文
centos7.x docker安装及配置，持续更新
2017-12-15 13:23 by 丨o聽乄雨o丨, 659 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1. 安装docker-ce [root]，ce为docker社区版，免费，ee版为企业版，收费 列出所有已安装docker 删除已安装docker 安装docker-ce 配置Daocloud加速 2. 开启dock服务，并设置开机自启 [root] 3. 测试docker [root] 4. 使 阅读全文
usermod命令详解
2017-12-15 12:26 by 丨o聽乄雨o丨, 6468 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：转载自：http://blog.51cto.com/urchin/987186 usermod - 修改用户帐户信息 modify a user account usermod [options] user_name usermod 命令修改系统帐户文件来反映通过命令行指定的变化 选项(option 阅读全文