代码改变世界

随笔档案-2021年11月

amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

2021-11-18 11:41 by 丨o聽乄雨o丨, 1337 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 水盒子要加厚: 越大的体系,一开始水盒子得加的越厚,因为有空隙会收缩,需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A,否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用,而发生形变。。所以水盒子要厚,一般我默认盒子12A起,density也要多步,至少4次5000步,最后看密度波动,波动值小于1%了就可以走下 阅读全文

RosettaScripts学习笔记-2021-11-18

2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 636 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文

linux bash 字符串替换

2021-11-16 22:36 by 丨o聽乄雨o丨, 423 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 字符串替换 $ dir=L72S_T377S_L483M $ echo ${dir//_/,}L72S,T377S,L483M $ dir="c:\windows/boot.ini" $ echo ${dir//\//\\} c:\windows\boot.ini ${变量/查找/替换值} 一个“/ 阅读全文
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