摘要：
以如下命令举例： pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA 命令中： -i 代表pdb输入 -o 代表pdb输出 -d 代表dry，去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子，这里去掉了Cl-和Na+ 阅读全文
随笔档案-2020年06月
linux多行注释
2020-06-28 11:36 by 丨o聽乄雨o丨, 230 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
:<<WORD....注释内容WORD 例如： :<<_a_ a=2 b=1 c=3 _a_ 阅读全文
Linux中EOF用法
2020-06-26 11:16 by 丨o聽乄雨o丨, 2871 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
在平时的运维工作中，我们经常会碰到这样一个场景：执行脚本的时候，需要往一个文件里自动输入N行内容。如果是少数的几行内容，还可以用echo追加方式，但如果是很多行，那么单纯用echo追加的方式就显得愚蠢之极了！这个时候，就可以使用EOF结合cat命令进行行内容的追加了。 下面就对EOF的用法进行梳理： 阅读全文
chimera里常用到的命令
2020-06-19 23:21 by 丨o聽乄雨o丨, 1106 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
sel #0:1.a ~sel set bgcolor white rlabel #0:14.A:15.A:16.A:17.A:115.A:13.A:117.A:118.A color green,rl #1:1336.A:1337.A:1338.A:1339.A:1014.A:1335.A:104 阅读全文
error: ‘chdir’ was not declared in this scope
2020-06-19 22:36 by 丨o聽乄雨o丨, 531 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
装软件superpose3D时遇到这个错误，解决方法是添加如下行到文件的开头： #include <unistd.h> 阅读全文
vim编辑器替换以及全局替换
2020-06-10 14:46 by 丨o聽乄雨o丨, 678 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
语法: [addr]s/源字符串/目的字符串/[option] [addr]表示检索范围 "1,n": 表示从第1行到n行 "%": 表示整个文件,同"1,$" ".,$" :表示从当前行到文件尾 [addr]省略时表示当前行 s: 表示替换操作,为substitute的缩写 [option]: 表 阅读全文
Linux下grep显示前后几行信息
2020-06-10 10:41 by 丨o聽乄雨o丨, 676 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
grep -C 5 foo file 显示file文件里匹配foo字串那行以及上下5行grep -B 5 foo file 显示foo及前5行grep -A 5 foo file 显示foo及后5行 阅读全文
Pymol里常用到的命令，随用随记
2020-06-09 16:04 by 丨o聽乄雨o丨, 3293 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
python脚本运行方式： 1, File->Run Script->选择python脚本; 2, run python脚本 常用命令： load *.pdb remove solvent select str1, resn Cl- remove str1 align WT_ligs, WT_box 阅读全文
