代码改变世界

随笔档案-2019年07月

rosetta constraints

2019-07-29 15:14 by 丨o聽乄雨o丨, 865 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 通过设置constraints,可以实现一些键长键角以及二面角的限制: 倒数第二列是弧度值,pai代表180度。 距离设置规则可以参考rosetta官网: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/rosetta_basics/file_types/con 阅读全文

score_jd2准备pdb文件

2019-07-29 14:58 by 丨o聽乄雨o丨, 557 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 有时rosetta很奇怪,做对接和设计时会产生乱七八糟的residue和atom的问题,有时候用score_jd2去处理下pdb,就能解决这些问题: 其中-renumber_pdb就是对原子序号及氨基酸序号进行重新命名。 阅读全文
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