摘要：
想起什么来写什么吧。 整体流程（以Ceas2, TPP, G3P为例）： 准备蛋白即配体参数文件(pdb文件需要有header，header的顺序符合cst block的顺序，且residue1和residue2的顺序也必须符合cst block)； 设置CST文件； 准备protocol和flag 阅读全文
随笔档案-2018年08月
rosetta geometric constraint file（用于match和design）
2018-08-12 17:29 by 丨o聽乄雨o丨, 1513 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
cst(constraint file)文件示例： 上述是一个经典的cst文件的示例，res1为三字符的D2N，res2为单字符的氨基酸缩写H（HIS）。 1. cst文件以CST::BEGIN开始，以CST::END结束； 2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名 阅读全文
Monte Carlo simulated annealing
2018-08-07 21:39 by 丨o聽乄雨o丨, 493 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
蒙特·卡罗分子模拟计算 蒙特·卡罗分子模拟计算 使用蒙特·卡罗方法进行分子模拟计算是按照以下步骤进行的： 1． 使用随机数发生器产生一个随机的分子构型。 2． 对此分子构型的其中粒子坐标做无规则的改变，产生一个新的分子构型。 3． 计算新的分子构型的能量。 4． 比较新的分子构型于改变前的分子构型的 阅读全文
