摘要：
1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误，导致 check不过关，也无法 saveamberparm： 错误原因：AMBER不能识别用 阅读全文
随笔档案-2018年06月
centos7挂载新加4T硬盘到/home目录
2018-06-15 14:51 by 丨o聽乄雨o丨, 18297 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
以下操作均在root环境下运行。 1.查看硬盘 发现硬盘为/dev/sdb 大小4T 2.如果此硬盘以前有过分区，则先对磁盘格式化： 此命令会对整个磁盘格式化 3.对新磁盘进行分区，由于fdisk仅支持2T以内磁盘分区，但该磁盘大于2T，所以使用parted进行GPT格式分区： 4.查看磁盘参数： 阅读全文
Amber TUTORIAL 4b: Using Antechamber to Create LEaP Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field (GAFF)
2018-06-08 18:18 by 丨o聽乄雨o丨, 1674 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢： sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”。 2.转换为mol2 阅读全文
Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer
2018-06-06 15:50 by 丨o聽乄雨o丨, 1937 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology 阅读全文
Amber中的一些option设置及名词
2018-06-05 22:11 by 丨o聽乄雨o丨, 1490 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
详细请见AMBER官方文档第18章第6节（18.6） Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1 Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velo 阅读全文
Amber TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein
2018-06-03 22:20 by 丨o聽乄雨o丨, 1502 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb，可以在PDB数据库下载。 pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备。 --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER)，--reduce会对pdb加氢(H)。命令执行完成后需要对产 阅读全文
Serveral effective linux commands
2018-06-01 10:45 by 丨o聽乄雨o丨, 391 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 统计当前文件夹下文件个数（不包括子目录下文件）： $ ls -l | grep "^-" | wc -l 2. 统计当前文件夹下文件个数（包括子目录下文件）： $ ls -lR| grep "^-" | wc -l 3. 查看某目录下文件夹(目录)的个数（包括子目录）: $ ls -lR | 阅读全文
