摘要：
下载网址：https://sourceforge.net/projects/calibur/ 安装： 安装完成后，会产生calibur和calibur-lite两个可执行文件。 添加环境变量： 安装及配置完成。 用法： 1. 首先需要把所有pdb文件的名称制成一个列表； 2. 运行calibur； 阅读全文
随笔档案-2018年01月
ROSETTA使用技巧随笔--RosettaLigand Docking
2018-01-23 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 4256 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
时间不充分，简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先，非标准残基都需要转换成.params文件，使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain= 阅读全文
TM-align TM-score安装
2018-01-16 22:17 by 丨o聽乄雨o丨, 2685 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台：Linux 下载下来的为TMtools，压缩包里包含TM-align 阅读全文
使用openbabel进行小分子底物构象搜索
2018-01-07 20:35 by 丨o聽乄雨o丨, 4024 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种： 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象，然后使 阅读全文
