摘要：
>>> candidate = 'dade142.;!0142f[.,]ad' >>> filter(str.isdigit, candidate) #保留数字 '1420142' >>> filter(str.isalpha, candidate) #保留字母 ‘dadefad’ >>> filt 阅读全文
随笔档案-2017年11月
ROSETTA使用技巧随笔--relax使用
2017-11-21 17:22 by 丨o聽乄雨o丨, 3569 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Purpose: 主要说目的，relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索，寻找与WT相似并能量低于WT的结构，既包含packer又包含minimizer。主要的应用在对一个结构构象进行取样，获得一个构象assembly，同时还能应用于相似结构的比较，结构优化等，它主要能对空间结构中的clash 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接
2017-11-10 16:18 by 丨o聽乄雨o丨, 7427 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
先写简略版，以后再详细写。 1. 对输入结构进行预处理（refine） flag_input_relax: 2. local dock 执行局部对接之前应手动把受体和配体放到一个pdb文件中，用不同的链标注（例如A，B），相距～10A，并且要有口袋的先验知识，把受体配体按照先验知识对好朝向。 使用以 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化
2017-11-08 21:59 by 丨o聽乄雨o丨, 2134 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
没有梦想的人，就是一只咸鱼，像我，就有一个梦想，就是让蛋白模拟过程变成动画，动起来！ 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来，但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能，这不，我发现了！ 方法也很简单，首先确保你安装了PyMOL，安装下载都很简单，百度即可，下面说这两个软件怎么串 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--控制Log输出等级
2017-11-08 21:09 by 丨o聽乄雨o丨, 399 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
一般运行ROSETTA，屏幕上的Log很多，而且很复杂，让我们看着眼晕，现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西。 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出： 0 代表只输出致命型错误，程序异常终止 100 代表输出一般错误信息，程序终止 200 代表会输出警 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation
2017-11-08 20:07 by 丨o聽乄雨o丨, 550 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识，氨基酸残基的所有相关原子，均原封不动的表示出来，比如主链即侧链上的所有原子，N O S等，全原子表示的优势在于计算准确，但是耗时较长； 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理
2017-11-08 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 1088 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
对score.sc的便利操作： 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序，可用-r倒序排列)，并输出文件。 此命令以score文件第二列进行排序后，输出第二列及第三列（awk '{print $2 "\t" $3}'）,第二列通常代表total_sc 阅读全文
