使用AMBER中遇到的一些问题

1.读取蛋白问题

读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误，导致 check不过关，也无法 saveamberparm：

错误原因：AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子

解决方法：我遇到的问题是很多H原子都无法被识别，所以解决方法比较直接，删除所有氢，再根据AMBER的规则，重新添加H：

1) 使用pdb4amber删除所有氨基酸的H：

pdb4amber -i WT.pdb -o WT_noH.pdb -y --dry

pdb4amber的帮助信息如下：

$ pdb4amber -h

Options:
  --version            show program's version number and exit
  -h, --help           show this help message and exit
  -i FILE, --in=FILE   PDB input file                      (default: stdin)
  -o FILE, --out=FILE  PDB output file                     (default: stdout)
  -y, --nohyd          remove all hydrogen atoms           (default: no)
  -d, --dry            remove all water molecules          (default: no)
  -p, --prot           keep only Amber-compatible residues (default: no)
  --noter              remove TER, MODEL, ENDMDL cards     (default: no)
  --constantph         rename GLU,ASP,HIS for constant pH simulation
  --most-populous      keep most populous alt. conf. (default is to keep 'A')
  --reduce             Run Reduce first to add hydrogens.  (default: no)
  --model=MODEL        Model to use from a multi-model pdb file (integer).
                       (default: use all models)

 

2) 使用reduce添加H原子：

reduce WT_noH.pdb > WT_H.pdb

3) 使用pdb4amber对加氢后的pdb文件进行规划化处理：

pdb4amber -i WT_H.pdb -o WT_new.pdb

 

2.小分子文件准备问题：

非标准残基或者小分子文件，若想被amber读入，则需要对小分子文件进行定义及分配力场参数。

简单来说，需要以下两类文件：

AGI.frcmod

AGI.lib

1.先对小分子文件加氢：

reduce AGI.pdb > AGI_h.pdb 

2.加氢完毕转换为mol2格式：

antechamber -i AGI_new.pdb -fi pdb -o AGI.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

3.用parmchk检查参数的可用性，产生frcmod力场参数文件：

parmchk2 -i AGI.mol2 -f mol2 -o AGI.frcmod

4.加载AGI.frcmod和mol2文件到tleap中，产生lib库文件:

$ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB

> source leaprc.gaff
> AGI = loadmol2 AGI.mol2 
> check AGI
> loadamberparams AGI.frcmod
> saveoff AGI AGI.lib 

 可以参考另外一篇博客https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9157072.html

3. GPU加速及多GPU运行问题：

拥有多GPU card时，使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令指定使用哪张显卡，

1.使用命令前先用 unset CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令清空变量；

2.再使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令设置使用哪张或者哪几张显卡；

 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 使用0号显卡（pmemd.cuda）

 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1 使用0，1两张显卡（mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI）

3.指定显卡后，我们使用pmemd.cuda命令或者mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI命令（指定两张显卡）运行amber。