本地blast用法

格式化数据库：

　　makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname　　　

　　参数说明:

　　-in：待格式化的序列文件

　　-dbtype：数据库类型，prot或nucl

　　-out：数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）：

　　blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

　　参数说明:

　　-query： 输入文件路径及文件名

　　-out：输出文件路径及文件名

　　-db：格式化了的数据库路径及数据库名

　　-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式

　　-evalue：设置输出结果的e-value值

　　-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

　　-num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）：

　　（用法与blastp相似）

　　blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

　　blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8