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Bio.SeqIO.parse()一次性迭代器

2023-11-10 17:41  丨o聽乄雨o丨  阅读(35)  评论(0)  编辑  收藏  举报

Bio.SeqIO.parse()是一次性迭代器，当用下列语句迭代过一次后，再迭代就为空：

1 import Bio
2 filename = "test.fasta"
3 seqs = Bio.SeqIO.parse(filename, "fasta")
4 # 第一次迭代，会正常输出seq id
5 for seq in seqs:
6     print(seq.id)

7 # 第二次迭代，就不会有输出了，因为seqs已经迭代到了末尾
8 for seq in seqs:
9     print(seq.seq)

解决方法为，在读取序列数据时，将seqs转为列表：

 

 1 import Bio 
 2 filename = "test.fasta"
 3 seqs = list(Bio.SeqIO.parse(filename, "fasta"))
 4 # 这样再进行多次迭代，也不会影响数据的分析了
 5 # 第一次迭代，会正常输出seq id
 6 for seq in seqs:
 7     print(seq.id)
 8 
 9 # 第二次迭代，会正常输出seq id
10 for seq in seqs:
11     print(seq.seq)
12 
13 ...