rosetta使用silent格式储存PDB结构,节省本地存储
2021-10-10 22:08 丨o聽乄雨o丨 阅读(476) 评论(0) 编辑 收藏 举报二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式,它比PDB文件紧凑得多,可以存储任意数量的结构,避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。
一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。
flag如下:
1 -out:file:silent scoring.silent
此文件中包含了score信息,pdb格式信息等。
需要注意的是如果要加入prefix或者suffix,需要把flag加在silent之前:
1 -out:prefix scoring_ 2 -out:file:silent scoring.silent
二、我们可以使用 extract_pdbs 或者 extract_atomtree_diffs APP对silent文件进行解析,两个命令的参数类似,可生成批量的PDB文件。
命令如下(包含底物分子时,需要加入-in:file:extra_res_fa):
1 extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent scoring.silent
prefix和suffix也可以通过flag加入:
1 -out:prefix scoring_
可以通过指定 -tags 标签,提取出指定pdb:
extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list -tags test_0001
又例如:
1 extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list
同样可以用score_jd2对silent进行打分:
1 score_jd2.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list -out:file:scorefile test.sc
作者:丨o聽乄雨o丨
本文版权归作者和博客园共有,欢迎转载,但未经作者同意必须保留此段声明,且在文章页面明显位置给出原文连接,否则保留追究法律责任的权利。