amber中pdb4amber简单用法
2020-06-30 20:51 丨o聽乄雨o丨 阅读(1554) 评论(0) 编辑 收藏 举报以如下命令举例:
pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA
命令中:
-i 代表pdb输入
-o 代表pdb输出
-d 代表dry,去除所有水
-s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子,这里去掉了Cl-和Na+
-m 代表残基突变,突变78位氨基酸为ALA,当然这种突变只是坐标替换,不涉及能量优化,多突变以“,”分隔。
作者:丨o聽乄雨o丨
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