摘要：
Bio.SeqIO.parse()是一次性迭代器，当用下列语句迭代过一次后，再迭代就为空： 1 import Bio 2 filename = "test.fasta" 3 seqs = Bio.SeqIO.parse(filename, "fasta") 4 # 第一次迭代，会正常输出seq id 阅读全文
随笔分类 - 感想
onionnet安装
2022-06-02 17:42 by 丨o聽乄雨o丨, 38 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
conda env create -f onionnet.yaml python -m pip install --upgrade pip pip install -r requirements_onionnet.txt conda install -c conda-forge mdtraj(如果后 阅读全文
origin散点图坐标轴遮挡问题解决方法
2022-05-06 16:17 by 丨o聽乄雨o丨, 4413 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
解决办法： 双击坐标系内任意空白区域，在打开的plot details 对话框中选择display标签，在clipping margins设置HV均为-2即可。 阅读全文
PYMOL显示底物周围surface
2022-02-04 20:34 by 丨o聽乄雨o丨, 1107 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
load $TUT/1hpv.pdb, tmp extract lig, organic extract prot, polymer delete tmp set surface_carve_cutoff, 5 set surface_carve_selection, lig set surface 阅读全文
amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项
2021-11-18 11:41 by 丨o聽乄雨o丨, 1337 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下 阅读全文
RosettaScripts学习笔记-2021-11-18
2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 636 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文
alphafold2_conda版安装
2021-10-22 11:34 by 丨o聽乄雨o丨, 897 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
安装之前注意gcc版本，我用centos8的4.8.5装不了，后面自己安装的gcc8.4.0 1. conda create -n af2 python=3.8 -y 2. conda activate af2 3. conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4 4 阅读全文
rosetta使用silent格式储存PDB结构，节省本地存储
2021-10-10 22:08 by 丨o聽乄雨o丨, 583 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式，它比PDB文件紧凑得多，可以存储任意数量的结构，避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。 一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。 flag如下： 1 -out:file:silent scoring.silent 阅读全文
alphafold2的几项便利性修改。
2021-08-31 16:34 by 丨o聽乄雨o丨, 460 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
#Run alphafold2 # conda activate af2 # run_alphafold.py --fasta_paths=Test.fasta --max_template_date=2020-05-14 # run_alphafold.py --fasta_paths=N7.fa 阅读全文
ctrl+z挂起命令后的操作
2021-08-05 22:49 by 丨o聽乄雨o丨, 201 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
(1) CTRL+Z挂起进程并放入后台(2) jobs 显示当前暂停的进程(3) bg %N 使第N个任务在后台运行(%前有空格)(4) fg %N 使第N个任务在前台运行 默认bg,fg不带%N时表示对最后一个进程操作! 阅读全文
centos8/7 非root安装gcc8.4.0, 解决gcc版本过低及libgfortran.so.5缺失问题
2021-07-29 19:57 by 丨o聽乄雨o丨, 4919 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
在非root环境下安装gcc-8.4.0，可以解决redhat/centos gcc版本过低导致的软件编译错误的问题。gcc-8.4.0需要一系列的依赖包。 1.下载依赖包: gmp-6.2.0, mpfr-4.1.0, mpc-1.2.0, isl-0.18 可以从以下链接中下载 http://m 阅读全文
RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法
2021-07-20 21:13 by 丨o聽乄雨o丨, 799 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
安装RoseTTAFold完成后，进入example目录测试建模时，报错如下： ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted (core dumped) psipred $ID.mtx $DATAD 阅读全文
P450酶rosetta对接，设计时的HEM ligated CYM问题
2021-04-23 15:40 by 丨o聽乄雨o丨, 1013 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
P450酶是一类以HEM作为辅酶，并是在催化过程中严重依赖HEM氧化还原循环的一类酶。 在天然环境下，HEM辅酶的Fe原子会与蛋白中一个处于垂直位置的脱氢CYS（CYM）的S形成一个共价键，此共价键基本垂直于HEM平面，其间的距离、角度、二面角都保持在一直相对稳定的状态。 在实际的计算模拟过程中，尤 阅读全文
记一次反挖矿病毒。。。
2021-01-19 19:32 by 丨o聽乄雨o丨, 574 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
这两天实验室电脑中度了，无故被占用50%cpu挖矿，且运行任何程序都会killed。 运行原理类似于，自动网上下载挖矿程序，然后rm删除程序，让你无从找到程序，有时候还会用ld.so.preload伪装，使你看不到占用资源的挖矿程序名称，在试了各种办法后，最有效的如下： 一、杜绝恶意IP访问 执行n 阅读全文
centos8.2装teamviewer，启动时无法显示GUI，无法登录，但是不报错的解决办法。
2020-11-26 19:43 by 丨o聽乄雨o丨, 800 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
首先明确一点，不是不报错，而是错误储存到了log里，你没看到！ 安装的过程很简单，装的时候teamviewer也不报错，也就不赘述了。 下面说解决办法： 到teamviewer官网下载源码版本teamviewer_15.12.4_amd64.tar.xz $ #解压$ tar -xvf teamvi 阅读全文
xmgrace用法简记
2020-11-26 15:46 by 丨o聽乄雨o丨, 896 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
读取已有参数文件(-param) xmgrace rmsd.agr -param rmsd.parms 修改print_setup为PNG（设置Transparent还没找到怎么设置），设置输出名称为TAX_rmsd.png，设置输出目录为$dir，还可以设置直接输出图片而不打开交互页面（-hard 阅读全文
Error: GPG check FAILED 由于源key错误导致的dnf安装错误
2020-11-05 22:41 by 丨o聽乄雨o丨, 1211 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
添加 --nogpgcheck 选项能部分解决此问题: dnf install qt5-qtwebkit-devel.x86_64 --nogpgcheck 阅读全文
centos8安装xmgrace5.1.25
2020-10-26 21:48 by 丨o聽乄雨o丨, 779 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.下载完.tar.gz格式安装包后，先安装依赖； dnf install motif motif-devel openmotif openmotif-devel libXpm-devel libXp-devel xorg-x11-xbitmaps xorg-x11-fonts* 2.解压安装包，安 阅读全文
Pymol里常用到的命令，随用随记
2020-06-09 16:04 by 丨o聽乄雨o丨, 3293 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
python脚本运行方式： 1, File->Run Script->选择python脚本; 2, run python脚本 常用命令： load *.pdb remove solvent select str1, resn Cl- remove str1 align WT_ligs, WT_box 阅读全文
解决photoshop illustrator CS6在高分屏下图标文字过小的情况
2019-06-13 20:13 by 丨o聽乄雨o丨, 1107 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
参考的一位国外的大神的经验。 1、开始-运行-regedit 打开注册表编辑器；在地址栏输入“计算机\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SideBySide”，回车展开；右侧空白处右键点击新建-DWORD(32位 阅读全文
