摘要：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff ATP = loadAMberPrep ATP.prep loadamberparams ATP.frcmod savemol2 atp ATP.mol2 1 quit 阅读全文
clustalo安装
2023-12-16 18:15 by 丨o聽乄雨o丨, 60 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：./configure --prefix=/hpcfs/fhome/user/Programs/clustal-omega-1.2.4 CFLAGS='-I/hpcfs/fhome/user/Programs/argtable2-13/include' LDFLAGS="-L/hpcfs/fhome 阅读全文
Bio.SeqIO.parse()一次性迭代器
2023-11-10 17:41 by 丨o聽乄雨o丨, 38 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：Bio.SeqIO.parse()是一次性迭代器，当用下列语句迭代过一次后，再迭代就为空： 1 import Bio 2 filename = "test.fasta" 3 seqs = Bio.SeqIO.parse(filename, "fasta") 4 # 第一次迭代，会正常输出seq id 阅读全文
tensorboard在jupyter中运行报错ip已拒绝连接
2023-11-10 11:15 by 丨o聽乄雨o丨, 108 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：在服务器中使用tensorboard在jupyter中作图： 1 %load_ext tensorboard 2 %tensorboard --logdir log所在路径（末尾不加/） 这时会报错ip已拒绝连接，解决方法为加入相应ip： 1 %tensorboard --logdir log所在路 阅读全文
ubuntu2004安装Multiwfn
2023-09-06 18:30 by 丨o聽乄雨o丨, 91 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：安装依赖库： sudo apt install libxm4 libgl1 解压后调整环境变量： #Multiwfn3.8dev export OMP_STACKSIZE=200M ulimit -s unlimited export Multiwfnpath=$Programs/Multiwfn_ 阅读全文
ubuntu2004 sshfs挂载网络目录文件夹
2023-08-30 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 121 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1. 安装sshfs sudo apt install sshfs 2. 创建挂载点文件夹 mkdir /mnt/NetDisk 3. 配置sshfs sudo vim /etc/fuse.conf 解除注释user_allow_other 4. 挂载目标目录到挂载点 sshfs -o cache= 阅读全文
rosetta mpi运行错误，libcore.2.so undefined s 的
2023-06-09 09:48 by 丨o聽乄雨o丨, 117 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：重装的ubuntu2004，分别安装了openmpi4.1.1及openmpi1.6.5后编译mpi版本rosetta，运行rosetta_script.mpi.linuxgccrelease均出现libcore.2.so的报错，猜测是mpi版本问题或者是手动安装的mpi编译时出现的问题。 后面使用 阅读全文
rosetta error: 'StructureID' has not been declared
2023-06-06 16:00 by 丨o聽乄雨o丨, 52 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：错误的原因为编译器版本太高，解决方法也很简单，到文件 src/protocols/features/FeaturesReporter.fwd.hh 的顶部加入下面这句： 1 #include <cstdint> 阅读全文
docker ubuntu
2023-05-30 15:08 by 丨o聽乄雨o丨, 42 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：基本操作 查看所有镜像： docker images 查看所有容器状态： docker ps -a 开启关闭docker容器： docker start/stop xxxxx(container id/name) 删除docker容器： docker rm xxxxx (container id/n 阅读全文
ubuntu20.04固定ip
2023-05-29 16:59 by 丨o聽乄雨o丨, 93 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1. 编辑 01-network-manager-all.yaml 文件： 1 sudo vim /etc/netplan/01-network-manager-all.yaml 加入下面内容： 1 # Let NetworkManager manage all devices on this sy 阅读全文