circos中的颜色

circos中颜色设置

 

1 circos支持RGB和HSV设置颜色：

red = 255,0,0    # RGB definition
red = hsv(0,1,1) # HSV definition

2 circos当中还支持事先定义的颜色，

可以直接用一些字符来表示颜色，常见的：red, orange, yellow, green, blue, and purple等，可在这些颜色前面加上修饰，变换颜色的深浅：例如vvlred  表示：very very light version of red

 

vvl{name} - very very light version of color
vl{name}  - very light
l{name}   - light
{name}    - default tone
d{name}   - dark
vd{name}  - very dark
vvd{name} - very very dark

 

 

 另外，还支持梯度设置颜色，和上面提到的方法等价，例如把红颜色分成7等分，那么vvlred可以表示成reds-7-seq-1，具体代表的颜色如下图

 

vvlred = reds-7-seq-1
vlred  = reds-7-seq-2
lred   = reds-7-seq-3
red    = reds-7-seq-4
dred   = reds-7-seq-5
vdred  = reds-7-seq-6
vvdred = reds-7-seq-7

 

 

 3 支持Brewer palette色板中的颜色

色板颜色名称如下；

 

# diverging (-div-) (3-11 colors)
brbg
piyg
prgn
puor
rdbu
rdgy
rdylbu
rdylgn
spectral

# qualitative (-qual-) (3-8 colors, some up to 12 colors)
accent (3-8 colors)
dark2 (3-8 colors)
paired (3-12 colors)
pastel1 (3-9 colors)
pastel2 (3-8 colors)
set1 (3-9 colors)
set2 (3-8 colors)
set3 (3-12 colors)

 

使用方法例如取set1中的4个颜色，分别可以表示为：set1-4-qual-1，set1-4-qual-2，set1-4-qual-3，set1-4-qual-4；颜色代表的如下图

 

 

4 特殊颜色-染色体

chr1，chr2 chrx等的如下，一般应用与染色体（ideograms）文件的最后一列染色体颜色的设置，这个文件染色体的设置，好像不支持其他颜色，大家一定要注意；

 

 

更多circos颜色设置可参考官方说明：

http://circos.ca/documentation/tutorials/configuration/colors/lesson

 

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原文链接：https://www.omicsclass.com/article/830