07 2019 档案
摘要：GO富集分析对老师们来说想必都不陌生，几乎在任何项目中都会出现。今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件 BiNGO。它是Cytoscape软件中很出色的一个插件。它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外，还会将结果以网络图的形式展现，非常美观。 第一， 安装BiNGO插件。 打开Cyt
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摘要：基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号（称为配体，ligand）包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。 富集性分
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摘要：• Cytoscape一款开源的网络显示和分析软件。 软件的核心部分提供了 网络显示、布局、查询等方面的基本功能。 • Cytoscape源自系统生物学，通过Cytoscape，用户可以在可视化的 环境下将这些生物网络跟基因表达、 基因型等各种分子状态信息整合 在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库
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摘要：场景：因为有事情需回到学校搞毕设，同事在公司说接口代码有问题，需要修改； 我用笔记本把代码同步到笔记本，然后做了一些修改、提交。修改完成。 第二天我来到公司（公司里用台式机，不是自己的笔记本），忘了先git pull到本地之后，直接在台式机上的代码进行编写，突然想起忘了pull了，然后想用git p
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摘要：http://js.cytoscape.org/#demos http://www.360doc.com/content/18/0413/13/42030643_745302163.shtml https://blog.csdn.net/zhongzhu2002/article/details/46
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摘要：每个物种都有一个对应的Taxonomy ID： 9606 :人类 10090 ：小鼠
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摘要：昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级 的。基础教程又分成了四课：Getting Started、Filters & Editor、Fetching External Data和Expression Analysis。为防忘记，做个摘记。 第一课 新手上路 地址
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摘要：Uniprot，全名Universal Protein，其整合了Swissprot、TrEMBL和PRI-PSD三大数据库，是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列，因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID，而且Un
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摘要：众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot
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摘要：Gene Ontology (GO) 注释 Posted on 2017-06-11 | In 生信 相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极大限制学术的交流。而 Gene
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摘要：在 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日，KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物，3,600 个为原核生物。在真核生物中，共
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摘要：用 pip install 安装了wxpy这个库，但是使用的时候却报错：ImportError: No module named wxpy 我先用 pip list 查看了一下，发现这个库是已经存在的： 但是运行就老是报错 后来查了资料才知道，是我编译器的环境选择有问题，我使用的是pycharm 进
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摘要：虐
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摘要：有向图和无向图都可以给边赋予权重，用到的方法是add_weighted_edges_from，它接受1个或多个三元组[u,v,w]作为参数，其中u是起点，v是终点，w是权重。例如：G.add_weighted_edges_from([(0,1,3.0),(1,2,7.5)])添加0-1和1-2两条边
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摘要：利用命令行提交代码步骤提交代码之前，需先从服务器上面拉取代码，以防覆盖别人代码。 1：拉取服务器代码git pull 2：查看当前工作目录树的工作修改状态git status 状态：1：Untracked: 未跟踪, 此文件在文件夹中, 但并没有加入到git库, 不参与版本控制. 通过git add
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摘要：微软Windows的Python扩展提供了对Win32 API的访问、创建和使用COM对象的能力以及PythOnWin环境。Pywin32是一个Python库，为python提供访问Windows API的扩展，提供了齐全的windows常量、接口、线程以及COM机制等等。
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摘要：python range() 函数可创建一个整数列表，一般用在 for 循环中。 函数语法 参数说明： start: 计数从 start 开始。默认是从 0 开始。例如range（5）等价于range（0， 5）; stop: 计数到 stop 结束，但不包括 stop。例如：range（0， 5）
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摘要：abs() 函数返回数字的绝对值。
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摘要：什么是CSV逗号分隔值（Comma-Separated Values，CSV），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本），文件的每一行都是一个数据记录。每个记录由一个或多个字段组成，用逗号分隔。使用逗号作为字段分隔符是此文件格式的名称的来源，因为分隔字符也可以不是逗号，有时也称为字符分隔值。 C
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摘要：基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段，对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词，网上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然，还要知其所以然。这里，我找到两篇富集分析的综述，跟大家一起学习一下。 照例，先给出这
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摘要：https://www.sohu.com/a/230486907_278730
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摘要：这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理，并补充了一些没有提到的重要参数，希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expression network analysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式
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摘要：所有的基因都会呈现时间和空间的关系！ 编码区是细胞DNA的一部分，我们知道，基因分为：编码区，非编码区。编码区是指能够转录信使RNA的部分，它能够合成相应的蛋白质，而非编码区是不能够转录信使RNA的DNA结构。但是它能够调控遗传信息的表达。 真核生物的基因组成是编码区和非编码区,其中编码区是由外显子
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摘要：本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD …即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称*.
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摘要：基因表达分析包括3个层次[68], 首先是单基因水平, 即比较对照组与实验组的每个基因是否存在表达差异, 这主要指差异基因表达分析; 其次是多基因水平, 如按照基因的共同功能、相互作用、共同表达等进行的聚类分析; 最后是系统水平, 即以基因网络形式解释和理解生命现象. 在生物体系中, 基因从来不是单
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摘要：基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库， 大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在 特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱
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