HOWTO: 如何利用Avizo或Amira计算孔隙率（Porosity）

在做三维可视化数据处理过程中，我们经常要提取的一个基本信息就是孔隙率。在今天的文章中我们要分享两个信息，一个是如何利用Avizo或Amira进行孔隙率计算；另外是关于Avizo 8.0中孔隙率计算异常的问题应对方法。

Avizo或Amira中如何计算孔隙率

孔隙率（Porosity），简单理解就是材料中孔隙体积与材料在自然状态下总体积的百分比。在Avizo和Amira中是利用Volume Fraction计算模块来提取孔隙率信息，基本步骤如下：

1. 分割获取孔隙（Foam示例中我只是简单利用交互阈值分割方式获取了孔隙，如下图）：

　　一般这里我会将获得的孔隙重命名为Pores。

2. 获取材料整体分割（类似步骤1，选择全部阈值范围，就可以获得整个材料的分割，不过注意，这里材料正好是正方形，如果是不规则材料，要考虑如何获取材料整体形态）

　　一般这里我会将分割获得的材料重命名为Mark。

3. 利用Volume Fraction进行孔隙率计算。

　　对Pores数据应用Volume Fraction，默认第一个参数就是Pores，第二个Input Image Mask我们选择Mark，第三个参数Interpretation选择3D（如果选择XY，我们可以获得面孔率），应用之后获取的结果点击Show，在Tables中展示出获得的孔隙率，如下图：

        

20200627补充：对于规则形态（比如上图，裁切出来的区域都为有效区域），则Volume Fraction的第二个参数可以为空；对于其他不规则形态，则需要想各种办法提取出研究区域。

Avizo 8.0计算孔隙率异常的问题

　　使用Avizo 8.0的用户要注意，按照前面的方法计算孔隙率很可能是错误的，Avizo厂商在8.1的Release Notes中描述了这个问题“ 23292 Volume Fraction (Avizo Fire)

Volume Fraction could give incorrect values in some case when used with a mask.”

　　也就是说这个问题在8.1之后版本已经修正，所以这也提醒Avizo或Amira用户，软件及时更新非常重要。

　　那这里还提供一个临时方案，参考前边完成孔隙和材料整体的分割，然后利用Material Statistics对材料进行统计计算，获取的计算结果表中提取Volume列对应材料的体积数，然后相除，也能计算获得孔隙率。