2017年11月25日

martini-实例-脂质双分子层

摘要： Martini粗粒化模型一开始就是为脂质开发的.（http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BLip/ Martini方法的主要思想是, 根据简单的分子构建模块构建可扩展的粗粒化模型, 阅读全文

posted @ 2017-11-25 19:15 谢小顿 阅读(3219) 评论(0) 推荐(0) 编辑

martini-新分子的参数化

摘要： http://jerkwin.github.io/2016/10/10/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BMol/ 对新分子的参数化可以分为两种情况，一种是基于已知片段对新分子进行参数化，一种是基于全原子力场模拟对新分子进行参数化。 基于已知片段对 阅读全文

posted @ 2017-11-25 16:42 谢小顿 阅读(1538) 评论(0) 推荐(0) 编辑

martini-拓扑映射

摘要： 如何为一个新的分子创建拓扑文件? 这是martini应用的关键。http://jerkwin.github.io/2016/08/31/Martini%E5%B8%B8%E8%A7%81%E9%97%AE%E9%A2%98/#输入参数 以下为部分摘录和个人总结： 第一步 映射到CG表示: 第一步包括 阅读全文

posted @ 2017-11-25 16:03 谢小顿 阅读(859) 评论(0) 推荐(0) 编辑

martini-md参数（mdp文件）

摘要： 输入参数：一个典型的mdp文件 时间步长：推荐将时间步长设为20-30 fs, 同时使用更大的邻区列表截断(到1.4 nm). 温度与压力耦合时间常数：好的温度控制可以使用Berendsen方法, 耦合常数的数量级为τ= 1 ps.压力可采用Berendsen方法进行控制, 耦合常数的范围在1-5 阅读全文

posted @ 2017-11-25 15:47 谢小顿 阅读(1848) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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