谢小顿

摘要： 部分内容来自http://jerkwin.github.io/9999/08/01/Martini%E7%B2%97%E7%B2%92%E5%8C%96%E5%8A%9B%E5%9C%BA%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%86%8C/ 参考了Martini官网的一些内容h 阅读全文

摘要： 初学SSH的一些总结，主要来源于谷歌搜索和鸟叔的教程http://cn.linux.vbird.org/linux_server/0310telnetssh_2.php 以及阮一峰的博客http://www.ruanyifeng.com/blog/2011/12/ssh_remote_login.h 阅读全文

摘要： 终于到了mdp系列的第四篇，最终MD模拟的mdp文件 先上代码，md.mdp 注意，这里已经不再采用位置限定性模拟了，因此也就没有了define = -DPOSRES 这一行。 NVT模拟中不采用压力耦合，NPT模拟中不采用温度耦合，MD模拟中二者都要用上，这才是最接近于真实的情况，即温度要与外界一 阅读全文

摘要： mdp系列的第三篇，对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍。 先上代码 这个文件唯一需要说明的部分就是33-39行，压力耦合部分。 压力耦合部分可参考文档3.4.9节。与温度耦合类似, 体系也可以耦合到一个“ 压力浴”. GROMACS 既支持每步重新缩放坐标与盒矢量的Berendsen 算法, 扩 阅读全文

摘要： 这是mdp文件系列的第二篇，介绍nvt平衡中要使用的mdp文件。 先上代码，nvt.mdp 按行解释： 1.title 说明这个mdp文件的作用 2.NVT NPT模拟中都需要对蛋白质做位置限定，这样做是为了避免在平衡过程中把蛋白质打散，最终的md模拟中要放开位置限制。 3.运行参数部分 4.与mi 阅读全文

摘要： mdp文件是能量最小化，NVT模拟，NPT模拟与MD模拟的必须文件。 mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四个文件为例子来解释mdp文件。 能量最小化minim.mdp 接下来我一行一行注解： 阅读全文

摘要： Gromacs的文件非常的多，这是官方文档地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下面我仅做一简述，涉及到PDB，GRO，MDP的文件内部结构 阅读全文

摘要： Gromacs的命令非常多，下面我将我最近用到的先总结一下。标题上也写了这只是Chapter1，以后有新的会继续写Chapter2...等等。 下面这个网址http://manual.gromacs.org/programs/byname.html将所有的Gromacs命令按字母表顺序排列了出来，是 阅读全文

摘要： Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。 在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也可能不是），然后看看这个 阅读全文

摘要： 博客开张啦！先声明以下几点： 最近一周（10.30--11.5）一直在看Gromacs，SSH方面的内容，完成张老师的要求。不得不说这些技术性的东西看多了还真是容易忘，就萌生了写一个技术博客的想法，记录一下自己做毕设的一些过程，方便自己作总结，希望可以一直坚持下去！不要像豆瓣日记一样就好了.... 阅读全文