知识图谱的绘制

今天抽出晚上时间专门查了一下知识图谱的绘制。大致就是类似下面这种图

 

 

其实研二时候找nature的论文就遇到过这种图，博一时候又在弄R的时候学了一下。但是放了一段时间又忘记了。主要还是在于得自己用到论文里。

这种图在和生物相关的论文会经常遇到。其中，一级项目按比重由大到小排列，二级项目同理，连线表示关联，线的粗细表示关联强度。

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下午去图书馆专门又把博一时候看的R找来翻了一下，对比知乎上高手们的经验，书上的还是逊色了一些。

https://www.zhihu.com/question/21664179

想画出上面那样的图，需要装这个 http://circos.ca/intro/genomic_data/

另：python画图相关的文章

https://blog.csdn.net/qq951127336/article/details/54586869

https://www.jianshu.com/p/e543dc63454f

https://blog.csdn.net/yuexiaomao/article/details/52425083?utm_source=blogxgwz0

http://www.sohu.com/a/248091104_671058

https://www.zhihu.com/question/19929609/answer/19067873

R语言对应的包

https://github.com/jokergoo/circlize

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准备开始画图前，推荐看看：

弦图直观介绍：　　https://datavizcatalogue.com/ZH/方法/弦图.html

画一个弦图的示例 ：http://www.r-graph-gallery.com/123-circular-plot-circlize-package-2/

更加复杂的一个例子：http://www.r-graph-gallery.com/122-a-circular-plot-with-the-circlize-package/

用d3画弦图：http://www.ourd3js.com/wordpress/213/       https://blog.csdn.net/lzhlzz/article/details/38299899       https://www.jianshu.com/p/4b44c708c2da

最后是知乎的文：https://zhuanlan.zhihu.com/p/28360518

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十月底去了几个学术讨论组一番学习，最近终于回实验室开干下面的东西。R的特点就是版本之间，特别是低版本不能使用高版本编辑的程序包。circlize是在3.5.1下构建的。因此需要使用清华的最新镜像安装。

但是，仍然缺几个包需要安装:GlobalOptions，colorspace，shape

有人会说，直接拿之前3.2时候的包复制到目录下行吗，答案是不行。因为必须在本版本包用命令安装才可以。到下面这个图的光标状态方可使用circlize

再就是写程序时候，直接复制粘贴是不可行的。老老实实动手写，才能避免报错。下面左边unexpected string constant in之类的错误，就是之前没有手动重写的问题，而后面则成功生成了右边的弦图

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最近尝试把弦图应用到论文里，结果发现弦图只能读入两种形式：矩阵和链表

首先用R中的c()

https://zhidao.baidu.com/question/564197291

还要用到rep()

http://bbs.pinggu.org/thread-3392171-1-1.html

最后还要参考github

https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html