配置LINUX服务器和GEO数据处理
1. 服务器端Anaconda安装&配置
1.1 下载Anaconda安装包
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
1.2 安装
bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
1.3 虚拟环境创建&使用
创建虚拟环境，命名为ncbi
conda create -n ncbi
查看当前所有环境
conda info -e
激活虚拟环境ncbi
source activate ncbi
在环境中安装R
conda install r-base
查询包的网址
https://anaconda.org/search
通常R语言包以r为前缀，以seurat为例，r-seurat，可得到安装命令为：
conda install -c conda-forge r-seurat
2. 本地终端安装&配置
2.1 Xshell7安装&配置
Xshell7用于在本地端连接服务器
下载安装（家庭和学校用户的免费许可证）
https://www.xshell.com/zh/xshell-download/
登录账号密码a。
2.2 FileZilla安装&配置
FileZilla用于本地端和服务器端的文件传输
客户端下载
https://filezilla-project.org/download.php?type=client
打开客户端，填写主机、用户名、密码、端口。
服务器端文件压缩&解压缩参考
https://blog.csdn.net/songbinxu/article/details/80435665
3. 工作流程
- 打开 http://10.60.111.81:8787/ ，输入账号密码
- 如遇到如下状况
> library(seurat) Error in library(seurat) : there is no package called ‘seurat’
则需要安装相应的包
- 在terminal中，首先连接web网络 export http_proxy=59.72.109.166:35239 export https_proxy=59.72.109.166:35239
-
然后在以下网址查询包的安装命令
https://anaconda.org/search
通常R语言包以r为前缀，以seurat为例，r-seurat，可得到安装命令为：
conda install -c conda-forge r-seurat
4. Linux常用命令
文件夹 GSE213216_RAW 压缩包 GSE213216_RAW.tar
- 进入文件夹 cd GSE213216_RAW
- 退出文件夹 cd ../
- 列出文件夹内容 ls
- 解压缩GSE213216_RAW.tar到GSE213216_RAW tar -xvf GSE213216_RAW.tar -C GSE213216_RAW
