摘要:
安装fcitx输入法 sudo add-apt-repository ppa:fcitx-team/stable #添加安装源,apt-get 添加,nightly源也可以 sudo apt-get update #更新源,否则无法安装fcitx 安装码表: sudo apt-get install 阅读全文
摘要:
我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format,主要是用来 阅读全文
摘要:
方法一:安装VMware Tools,设置共享文件夹(推荐) 安装教程:http://www.cnblogs.com/sunev/archive/2012/03/16/2400887.html 方法二:在宿主机上安装FTP文件传输软件 步骤如下: 1.Ubuntu中安装ssh,命令:sudo apt 阅读全文
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R官网更新说明 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/README.html 本文主要讲解在ubuntu下如何安装和更新R语言。将分别介绍什么是R语言,简单方法安装R语言,通过更新源来安装或更新R语言,和安装R语言集成开 阅读全文
摘要:
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing dat 阅读全文
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samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令。以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各 阅读全文
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本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引。 # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fil 阅读全文
摘要:
原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https://ccb.j 阅读全文