R基本画图
摘要：
参考内容：闻博，R语言的绘图功能及应用案例 https://wenku.baidu.com/view/80f22fa50029bd64783e2c22.html R画图是以函数操作为基本的画图模式。 画图函数可分为两种： 1.高级绘图函数：创建一个新的图形。 2.低级绘图函数：在现有图形上添加元素。 阅读全文
posted @ 2017-07-08 17:19 青萍，你好 阅读(455) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R的基础学习之数据结构
摘要：
来源:http://blog.qiubio.com:8080/archives/3753/4 1.atomic vector ：一维的，放置同一类型数据的数据类型 1.1创建:由c（）函数 ，seq()函数,rep()等函数创建。 1.2访问方式：通过索引或是通过names属性 2.list ：一维 阅读全文
posted @ 2017-07-04 22:29 青萍，你好 阅读(342) 评论(0) 推荐(0) 编辑
生信概念之
摘要：
1.contig：A contig (from contiguous) is a set of overlapping DNA segments that together represent a consensus region of DNA 从reads拼接出来的更长的序列。 2.k-mer：k 阅读全文
posted @ 2017-07-02 14:47 青萍，你好 阅读(1480) 评论(0) 推荐(0) 编辑
生信概念之global alignment VS local alignment
摘要：
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posted @ 2017-07-02 14:37 青萍，你好 阅读(1062) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R/Bioconductor包的下载和安装，升级
摘要：
R包：基本包（自动加载）和推荐包（安装R时也会下载，但需要手动加载），拓展包（其他包，手动加载）。 安装好的包将被放在一个指定的目录下。这个目录被称为库(Library)。当需要使用到某一个包的时候，通过运行library()函数来加载软件包，其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包，并将其命名空间加 阅读全文
posted @ 2017-07-02 12:15 青萍，你好 阅读(5375) 评论(0) 推荐(1) 编辑
bowtie2用法
摘要：
bowtie2的功能：短序列的比对 用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] -x <bt2-idx>：参考基因组的索引路径 {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}：比对的reads 阅读全文
posted @ 2017-07-01 22:54 青萍，你好 阅读(2276) 评论(0) 推荐(0) 编辑
tophat的用法
摘要：
概述：tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步： 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments，比对到参考基因组上，如果比对成功，建立剪切点。 用法：tophat [options]* <in 阅读全文
posted @ 2017-07-01 22:31 青萍，你好 阅读(3999) 评论(0) 推荐(0) 编辑
生信基础概念之unique reads VS multi-mapping reads
摘要：
unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例： the quantity of unique reads ：25159791-1027691= the quantity of multi-mapp 阅读全文
posted @ 2017-07-01 15:54 青萍，你好 阅读(5672) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux的压缩命令(tar，gzip，zip）
摘要：
打包和压缩。打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件；压缩则是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。 这源于Linux中很多压缩程序只能针对一个文件进行压缩，这样当你想要压缩一大堆文件时，你得先将这一大堆文件先打成一个包（tar命令），然后再用压缩程序进行压缩.1.tar （针对tar包） 阅读全文
posted @ 2017-06-28 22:40 青萍，你好 阅读(1809) 评论(0) 推荐(0) 编辑
