一周一paper，一周一技术

摘要： Java程序可以在任何安装有Java平台的系统上运行，运行的时候语法如下： java -jar <program.jar> -jar这个参数是必须有的，后面跟你的java程序，例如我们这边就是 java -jar /home/biosoft/GenomeAnalysisTK-1.6-13/Genom 阅读全文

摘要： 1.sam，bam的格式转换： 2.对bam文件进行排序 3.对bam文件进行简单的统计 4.筛选特定的区域 5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时，只保留匹配度最高的 6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件 前提：bam文件已排序 阅读全文

摘要： goseq是一个R包，用于寻找GO terms，即基因富集分析。 GO terms是标准化描述基因或基因产物的词汇，包括三方面，cellular component,molecular funciton,biological process。 每个GO term都有一个GO ID,比如 GO:006 阅读全文

摘要： edgeR:Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 一个差异性分析的R包，用于RNA-seq或DNA甲基化等相关技术分析。 其原理利用广义线性模型对每个基因或者甲基化位点建模，然后直接比较线性模型的参数。 输入要求：必须是支持该 阅读全文

摘要： 1.运算符 算术运算符：+，-，*,/ 关系运算符：==，！=，>,>=,<,<= 逻辑运算符：&,|，&&，||，！ &和|称为短逻辑符，&&及||称为长逻辑符。长逻辑符只比较左边和右边的第一个元素，而短逻辑符将会一 一比较所有的元素。 2.条件语句：if ..else 3.控制语句：for,wh 阅读全文

摘要： 建库时是否是链特异性建库。 Tophat2: HISAT2:--rna-strandness <string> Specify strand-specific information: the default is unstranded.For single-end reads, use F or 阅读全文

摘要： 本章目录： 1.路径和文件 2.数据转换 3.获得帮助 路径和文件： 1.工作路径： 显示当前路径：getwd() 设置路径：setwd（“绝对路径”） 2.目录： 创建目录：dir.create("目录名“） 显示当前目录的内容：dir() 判断当前目录是否存在某个文件或目录：file.exist 阅读全文

摘要： HTSeq:一个用于处理高通量数据（High-throughout sequencing)的python包。HTSeq包有很多功能类，熟悉python脚本的可以自行编写数据处理脚本。另外，HTSeq也提供了两个脚本文件能够直接处理数据:htseq-qa(检测数据质量)和htseq-count（rea 阅读全文

摘要： 功能： 用于有参考基因组存在的比对工具（适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data） 用法： hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base> hisat2 [options]* 阅读全文

摘要： 1.命令替换符：先执行符号内的命令 反引号``：旧格式 $()：新格式 2.字符串界定符： 单引号：保持引号内 的字符的字面值。 双引号：有些情况特殊。 阅读全文