一周一paper，一周一技术

摘要： 1.什么是duplicate，为什么要去除。 什么是duplicate：这是在建库的过程后，对已连有接头的DNA片段进行扩增，然后去接flowcell。之所以在建库后扩增，这是由于接flowcell的效率很低，建库后的分子很少。 为什么要去除：因为PCR duplicate后就会导致一个序列被重复测 阅读全文

摘要： 1.t-test的功能：单因素二水平的假设检验。 H0:与我们想过要的结果相反的假设，比如我们想要的是两组数据的差异性，那么这个假设是：两组数据没有差异性。 H1或Ha：备择假设，与H0假设相反。 2.t-test的前提：正态性和方差齐性 3.R中的t-test的使用。 t.test(x, y = 阅读全文

摘要： 1.commandArgs(),是R自带的参数传递函数，属于位置参数。 2.getopt(),是getopt包的函数，需要先按照getopt包 getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), 阅读全文

摘要： 修改~目录的bashrc文件： 1.cd 到~目录。 2.ls -a ，bashrc文件是隐藏的。 3.vim .bashrc;export PATH=$PAHT:要添加的工作路径。 4.source ~/.bashrc 阅读全文

摘要： 用途：一般我们画热图是以连续变量作为填充因子，complexHeatmap的oncopoint函数可以以类别变量作为填充因子作热图。 用法：oncoPrint(mat, get_type = function(x) x,alter_fun = alter_fun_list, alter_fun_li 阅读全文

摘要： 1.替换字符串中的某一部分。 函数：gensub(/rexpr/,"replace","g","string"),gensub返回一个新的字符串。 /rexpr/:要被替代的内容，必须要//包围，支持正则表达式。 replace：替代的内容。 “g”：表示全部替换，也可以用数字表示替换第几个位置。 阅读全文

摘要： 在对数据进行统计分析之前，应该先查看数据的特征，然后根据其特征选择分析方法。 很多统计假设方法要求数据是符合正态分布的和方差齐性。 1.数据的正态分布验证： 夏皮罗-威尔克（Shapiro-Wilk）检验法，适用于3 < 样本数< 5000 时的正态性检验。 2.方差齐性检验 Bartlett检验 阅读全文

摘要： 1.去除重复数据 函数：duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...)，返回一个布尔值向量，重复数据的第一个为FALSE，其他为TRUE。 x可以是vector或data.frame。为data.frame 阅读全文

摘要： 官网说明：https://docs.python.org/2/library/string.html#formatstrings python的格式输出有两种方法： 1.“ %s”.(variant) 2."输出格式".format(输出内容） 一。“%s”.(variant) 二。"输出格式".f 阅读全文

摘要： 根据输出的方向分为输出到屏幕和输出到文件。 1.cat函数即能输出到屏幕，也能输出到文件. 使用方式：cat(... , file = "", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL,append = FALSE) 有file时，输出到file。无file时，输 阅读全文