对vector，list的操作函数
摘要：
向量只能接受同一类型的数据；list可以接受不同的数据。 1.添加元素 阅读全文
posted @ 2018-02-26 11:45 青萍，你好 阅读(168) 评论(0) 推荐(0) 编辑
用blastn比对自己建立的数据库
摘要：
自己感兴趣的一些序列作为数据库，然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。 1.用fasta文件创建blast数据库 2.然后用blastn比对 阅读全文
posted @ 2018-02-11 15:30 青萍，你好 阅读(1178) 评论(0) 推荐(0) 编辑
blast+简介
摘要：
blast+有三大工具类型： blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdb 阅读全文
posted @ 2018-02-11 15:10 青萍，你好 阅读(471) 评论(0) 推荐(0) 编辑
samtools使用过程中出现的问题
摘要：
1.EOP marker is absent 在使用samtools index时出现 EOF是指the end of file,即samtools认为你的bam文件是不完整的。 如果把view参数的u（解压缩）去掉，是不会出现上述情况。 2. 阅读全文
posted @ 2018-02-05 17:41 青萍，你好 阅读(1262) 评论(0) 推荐(0) 编辑
转移灶，原发灶，cfDNA的外显子测序得到的突变点的关系
摘要：
文章名称：Exome Sequencing of Cell-Free DNA from Metastatic Cancer Patients IdentifiesClinically Actionable Mutations Distinct from Primary Disease。 目的：1.验 阅读全文
posted @ 2018-02-03 17:08 青萍，你好 阅读(537) 评论(0) 推荐(0) 编辑
韦恩图的画法
摘要：
1.韦恩图的作用：用来展示多个相关集合的交集，差集。 2.韦恩图的画法：R包VennDiagram 几个重要参数： 圆圈设置： 1.圆圈的内部颜色：fill，接受向量 2.圆圈的外部颜色：col，接受向量 3.圆圈的内部透明度：alpha,接受向量。 4.圆圈的外框的大小：lwd，接受向量。 类名称 阅读全文
posted @ 2018-01-24 14:09 青萍，你好 阅读(4085) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python的计算保留小数
摘要：
1.要使得算术运算的结果有小数，则运算的对象至少有一个是float型的。 2.控制小数的位数：字符串格式化 格式：需要进行格式化的字符串%插入对象 需要进行格式化的字符串中带有一个或多个嵌入的转换目标，都以%开头。 嵌入的转换目标：（有十几种，只列举常用的三种） %s:字符串 %d:十进制整数 %f 阅读全文
posted @ 2018-01-22 10:25 青萍，你好 阅读(9601) 评论(0) 推荐(0) 编辑
awk的输出格式控制：print 和printf
摘要：
1.两个函数和若干个内部变量控制awk的输出格式： 两个函数：print和printf 内部变量：OFS:输出的列间隔符，默认为tab; ORS：输出的行间隔符，默认为\n printf更加自由化，一切输出格式都需要自己定义。 print是定义好的printf，通过内部变量能改变已经定义好的格式。 阅读全文
posted @ 2018-01-20 16:57 青萍，你好 阅读(7599) 评论(0) 推荐(0) 编辑
awk遇到windows 的^M
摘要：
windows在编辑的文档，在linux中显示会在行尾出现一个^M window下编辑的文档：末尾带^M$ linux下编辑的文档：末尾带$ awk中如果存在^M，则会限制print的输出列数（只能输出文本中原有的列数）： 替换掉^M: 1.^M的写法：ctrl +v,ctrl+m 2.替换命令：s 阅读全文
posted @ 2018-01-20 16:40 青萍，你好 阅读(827) 评论(0) 推荐(0) 编辑
从引物序列出发查找pcr产物的内容和在基因组上的位置
摘要：
1.利用primer_blast工具，找出这对引物序列在基因组上的位置： 结果大概会像这样： 2.这些结果都是根据hg38基因组来定位的，转换成hg19: 利用UCSCde hgLiftover 在线软件：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver 阅读全文
posted @ 2018-01-18 15:17 青萍，你好 阅读(2888) 评论(0) 推荐(0) 编辑
