2017年7月23日

samtools+bcftools 进行SNP calling

摘要： 两个软件的作用：1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息，这个位点上有多少条read匹配，匹配read的碱基是什么，并将这些信息存储在BCF文件中。2.bcftools 是真正进行calling的软件。其也可以用来BCF和VCF格式的转换。 常见流程： 阅读全文

posted @ 2017-07-23 15:53 青萍，你好 阅读(3324) 评论(0) 推荐(0) 编辑

java 程序的使用

摘要： Java程序可以在任何安装有Java平台的系统上运行，运行的时候语法如下： java -jar <program.jar> -jar这个参数是必须有的，后面跟你的java程序，例如我们这边就是 java -jar /home/biosoft/GenomeAnalysisTK-1.6-13/Genom 阅读全文

posted @ 2017-07-23 11:25 青萍，你好 阅读(267) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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