2017年7月1日

bowtie2用法

摘要： bowtie2的功能：短序列的比对 用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] -x <bt2-idx>：参考基因组的索引路径 {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}：比对的reads 阅读全文

posted @ 2017-07-01 22:54 青萍，你好 阅读(2312) 评论(0) 推荐(0) 编辑

tophat的用法

摘要： 概述：tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步： 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments，比对到参考基因组上，如果比对成功，建立剪切点。 用法：tophat [options]* <in 阅读全文

posted @ 2017-07-01 22:31 青萍，你好 阅读(4033) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信基础概念之unique reads VS multi-mapping reads

摘要： unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例： the quantity of unique reads ：25159791-1027691= the quantity of multi-mapp 阅读全文

posted @ 2017-07-01 15:54 青萍，你好 阅读(5788) 评论(0) 推荐(0) 编辑

转载：sam/bam文件格式说明

摘要： 原文出处：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/5366610.html SAM分为两部分，注释信息（header section）和比对结果部分（alignment section），注释信息可有可无，都是以@开头，用不同的tag表示不同的信息， 主要有@HD，说明符合 阅读全文

posted @ 2017-07-01 15:19 青萍，你好 阅读(721) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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