使用bedtools的一个问题

问题：有两个平行测序样本，分别得到1.vcf和2.vcf两个文件，想知道这两个文件有多少个重合点。

 

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1
chr1	10	10
chr1	11	11
[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2 
chr1	10	10
[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2 
chr1	10	10
chr1	11	11

　　

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1
chr1	10	10
chr1	11	11
chr1	12	12
[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2
chr1	10	10
[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2 
chr1	10	10
chr1	11	11

　　从上面两个例子可以得出，bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离，没有的话，它会自动添加。

换一种解决方法：R的merge函数。