随笔分类 -  常用生信软件的使用和问题

摘要：自己感兴趣的一些序列作为数据库，然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。 1.用fasta文件创建blast数据库 2.然后用blastn比对 阅读全文

摘要：blast+有三大工具类型： blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdb 阅读全文

摘要：1.EOP marker is absent 在使用samtools index时出现 EOF是指the end of file,即samtools认为你的bam文件是不完整的。 如果把view参数的u（解压缩）去掉，是不会出现上述情况。 2. 阅读全文

摘要：问题：有两个平行测序样本，分别得到1.vcf和2.vcf两个文件，想知道这两个文件有多少个重合点。 从上面两个例子可以得出，bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离，没有的话，它会自动添加。 换一种解决方法：R的merge函数。 阅读全文

摘要：Java程序可以在任何安装有Java平台的系统上运行，运行的时候语法如下： java -jar <program.jar> -jar这个参数是必须有的，后面跟你的java程序，例如我们这边就是 java -jar /home/biosoft/GenomeAnalysisTK-1.6-13/Genom 阅读全文

摘要：1.sam，bam的格式转换： 2.对bam文件进行排序 3.对bam文件进行简单的统计 4.筛选特定的区域 5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时，只保留匹配度最高的 6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件 前提：bam文件已排序 阅读全文

摘要：goseq是一个R包，用于寻找GO terms，即基因富集分析。 GO terms是标准化描述基因或基因产物的词汇，包括三方面，cellular component,molecular funciton,biological process。 每个GO term都有一个GO ID,比如 GO:006 阅读全文

摘要：edgeR:Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 一个差异性分析的R包，用于RNA-seq或DNA甲基化等相关技术分析。 其原理利用广义线性模型对每个基因或者甲基化位点建模，然后直接比较线性模型的参数。 输入要求：必须是支持该 阅读全文

摘要：功能： 用于有参考基因组存在的比对工具（适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data） 用法： hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base> hisat2 [options]* 阅读全文

摘要：bowtie2的功能：短序列的比对 用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] -x <bt2-idx>：参考基因组的索引路径 {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}：比对的reads 阅读全文

摘要：概述：tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步： 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments，比对到参考基因组上，如果比对成功，建立剪切点。 用法：tophat [options]* <in 阅读全文