随笔分类 -  常用生信软件的使用和问题

用blastn比对自己建立的数据库
摘要:自己感兴趣的一些序列作为数据库,然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。 1.用fasta文件创建blast数据库 2.然后用blastn比对 阅读全文

posted @ 2018-02-11 15:30 青萍,你好 阅读(1410) 评论(0) 推荐(0)

blast+简介
摘要:blast+有三大工具类型: blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdb 阅读全文

posted @ 2018-02-11 15:10 青萍,你好 阅读(516) 评论(0) 推荐(0)

samtools使用过程中出现的问题
摘要:1.EOP marker is absent 在使用samtools index时出现 EOF是指the end of file,即samtools认为你的bam文件是不完整的。 如果把view参数的u(解压缩)去掉,是不会出现上述情况。 2. 阅读全文

posted @ 2018-02-05 17:41 青萍,你好 阅读(1834) 评论(0) 推荐(0)

使用bedtools的一个问题
摘要:问题:有两个平行测序样本,分别得到1.vcf和2.vcf两个文件,想知道这两个文件有多少个重合点。 从上面两个例子可以得出,bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离,没有的话,它会自动添加。 换一种解决方法:R的merge函数。 阅读全文

posted @ 2017-12-25 10:17 青萍,你好 阅读(308) 评论(0) 推荐(0)

java 程序的使用
摘要:Java程序可以在任何安装有Java平台的系统上运行,运行的时候语法如下: java -jar <program.jar> -jar这个参数是必须有的,后面跟你的java程序,例如我们这边就是 java -jar /home/biosoft/GenomeAnalysisTK-1.6-13/Genom 阅读全文

posted @ 2017-07-23 11:25 青萍,你好 阅读(279) 评论(0) 推荐(0)

samtools的基本用法
摘要:1.sam,bam的格式转换: 2.对bam文件进行排序 3.对bam文件进行简单的统计 4.筛选特定的区域 5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时,只保留匹配度最高的 6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件 前提:bam文件已排序 阅读全文

posted @ 2017-07-20 21:39 青萍,你好 阅读(2780) 评论(0) 推荐(1)

goseq
摘要:goseq是一个R包,用于寻找GO terms,即基因富集分析。 GO terms是标准化描述基因或基因产物的词汇,包括三方面,cellular component,molecular funciton,biological process。 每个GO term都有一个GO ID,比如 GO:006 阅读全文

posted @ 2017-07-19 21:27 青萍,你好 阅读(2395) 评论(0) 推荐(1)

edgeR
摘要:edgeR:Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 一个差异性分析的R包,用于RNA-seq或DNA甲基化等相关技术分析。 其原理利用广义线性模型对每个基因或者甲基化位点建模,然后直接比较线性模型的参数。 输入要求:必须是支持该 阅读全文

posted @ 2017-07-18 23:28 青萍,你好 阅读(6026) 评论(0) 推荐(0)

HISAT2的运用
摘要:功能: 用于有参考基因组存在的比对工具(适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data) 用法: hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base> hisat2 [options]* 阅读全文

posted @ 2017-07-14 10:43 青萍,你好 阅读(1438) 评论(0) 推荐(0)

bowtie2用法
摘要:bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] -x <bt2-idx>:参考基因组的索引路径 {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}:比对的reads 阅读全文

posted @ 2017-07-01 22:54 青萍,你好 阅读(2531) 评论(0) 推荐(0)

tophat的用法
摘要:概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点。 用法:tophat [options]* <in 阅读全文

posted @ 2017-07-01 22:31 青萍,你好 阅读(4144) 评论(0) 推荐(0)

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