手把手教你看KEGG通路图！

手把手教你看KEGG通路图！

亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~

 

怎么看KEGG中代谢通路图?

KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。其中包含有大量的通路图，如下图所示：

 

 

 

 

 

1、代谢通路中各种符号标识：

代谢通路图中，一般就是酶，方框里面的数字代表EC编号；小圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。

 

 

 

2、代谢通路中（绿）和（白）底框：

一般，KEGG中存在两种代谢图：

① reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，为白色小框，在KEGG中名字以map开头，比如map00010；

② species-specific pathway，绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如酵母的糖酵解通路图，sce00010。

 

 

3、KEGG富集分析：

统计该物种的富集结果，红色边框的为上调的，绿色边框的为下调的。

 

 

KEGG Pathway富集分析不仅仅基于富集分析数据，人为的解读和挑选是必不可少的。因为：

(1) 基因调控是个系统，而不仅作为1个孤立的pathway。

a. 1个基因的改变可以造成整个系统的改变；

b. 1个基因往往有多个功能，但执行具体的功能往往是不同蛋白复合物共同作用。

(2) pathway富集分析的统计假设，并非在任何情况下都适用pathway富集分析，要观察、理解某个核心pathway中基因的相互作用，才能判断其中的基因变化是否有生物学意义。

(3) 现存KEGG等数据库收录的是已有研究结果，更详细的pathway信息需进一步完善。

 

总 结

Pathway 和 GO富集分析结果的解读，应该从生物学意义的角度出发，Pvalue 和 Q value只是个参考而已，那些不显著的通路也值得解读（从功能注释的角度解读，而不是从富集分析的角度解读）。只要结果可以解释，有意义，真的不用太执着哦！