07 2017 档案

05 Computing GC Content
摘要：Problem The GC-content of a DNA string is given by the percentage of symbols in the string that are 'C' or 'G'. For example, the GC-content of "AGCTAT 阅读全文
posted @ 2017-07-30 13:47 Thinkando 阅读(958) 评论(0) 推荐(0) 编辑
04 Rabbits and Recurrence Relations
摘要：Problem A sequence is an ordered collection of objects (usually numbers), which are allowed to repeat. Sequences can be finite or infinite. Two exampl 阅读全文
posted @ 2017-07-29 22:01 Thinkando 阅读(371) 评论(0) 推荐(0) 编辑
03 Complementing a Strand of DNA
摘要：Problem In DNA strings, symbols 'A' and 'T' are complements of each other, as are 'C' and 'G'. The reverse complement of a DNA string ss is the string 阅读全文
posted @ 2017-07-29 13:57 Thinkando 阅读(563) 评论(0) 推荐(0) 编辑
02 Transcribing DNA into RNA
摘要：Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, 阅读全文
posted @ 2017-07-29 13:37 Thinkando 阅读(510) 评论(0) 推荐(0) 编辑
01 A Counting DNA Nucleotides
摘要：Problem A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number o 阅读全文
posted @ 2017-07-29 13:33 Thinkando 阅读(596) 评论(0) 推荐(0) 编辑
002 生信基础题
摘要：001 'GATCCAGATCCCCATAC'， 计算这串数列中两个出现最高的频率。 002 Reverse Complement Problem: Find the reverse complement of a DNA string. Input: A DNA string Pattern. O 阅读全文
posted @ 2017-07-28 12:52 Thinkando 阅读(423) 评论(0) 推荐(0) 编辑
PCA 原理
摘要：PCA的数学原理(转) 1 年前 PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示，可用于提取数据的主要特征分量，常用于高维数据的降维。网上关于PCA的文章有很多，但是大多数只描述了PCA的分析过程 阅读全文
posted @ 2017-07-25 19:04 Thinkando 阅读(392) 评论(0) 推荐(0) 编辑
基于保守性和规则性的预测方法SIFT和PolyPhen
摘要：有什么特征可以帮助我们来区分导致功能和表型变化的变异和其他变异，然后我们如何综合特征来做出一个预测模型？表型或功能的改变(phenotypical/functional effect)a,个体表型上的体现（导致疾病的或不导致疾病的）b,演化上的概念（它是不是会影响这个人的适应性，deleteriou 阅读全文
posted @ 2017-07-10 20:46 Thinkando 阅读(2546) 评论(0) 推荐(0) 编辑
BWA/BWT 比对软件
摘要：名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史 摘要 b w a i n d e x r e f . f ab w a 阅读全文
posted @ 2017-07-09 10:52 Thinkando 阅读(7830) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux Basic学习笔记01
摘要：介绍课程： 中级： 初级：系统基础 中级：系统管理、服务安全及服务管理、Shell脚本； 高级： MySQL数据库； cache & storage 集群： Cluster lb: 4layer 7layer ha: 分布式： zookeeper 分布式文件系统 虚拟化技术： xen kvm Ope 阅读全文
posted @ 2017-07-04 09:32 Thinkando 阅读(1312) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux 实战
摘要：01 阅读全文
posted @ 2017-07-02 11:09 Thinkando 阅读(187) 评论(0) 推荐(0) 编辑
bash 环境配置及脚本
摘要：bash是 Bourne Again Shell简称 ，从unix系统的sh发展而来 查看当前shellecho $SHELL查看系统支持的shellcat /etc/shells cd /binls -la *sh 一、 bash shell的配置变量可分为自定义变量和环境变量他们作用范围不同se 阅读全文
posted @ 2017-07-01 19:54 Thinkando 阅读(1048) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux vi/vim
摘要：Linux vi/vim 所有的 Unix Like 系统都会内建 vi 文书编辑器，其他的文书编辑器则不一定会存在。 但是目前我们使用比较多的是 vim 编辑器。 vim 具有程序编辑的能力，可以主动的以字体颜色辨别语法的正确性，方便程序设计。 相关文章：史上最全Vim快捷键键位图 — 入门到进阶 阅读全文
posted @ 2017-07-01 18:55 Thinkando 阅读(254) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux 正则表达式
摘要：正则表达式中各种字符的含义 正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 列目录时， dir *.txt或ls *.txt中的*.txt就不是一个正则表达式,因为这里*与正 阅读全文
posted @ 2017-07-01 12:31 Thinkando 阅读(768) 评论(0) 推荐(0) 编辑