最后在网上搜索到了解决办法，原来应用程序池的高级选项里面有关于兼容WIN32程序的选项；
System.Data.SQLite是分了操作系统版本的，有X86，X64之分；因此应用程序池应该选择兼容WIN32;
如上图所示，这样设置后，网站就不报错了
