摘要：
本文所建蒙脱石模型，具体置换原则，建模过程见已发表论文：Wei, P., Zheng Y. et al. Effect of water content and structural anisotropy on tensile mechanical properties of montmorillo 阅读全文
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转载自：http://blog.sciencenet.cn/misc.php?id=235119&mod=tag 级联效应 （ Cascade effect) 是由一个动作影晌系统而导致一系列意外事件发生的效应，类似于多米诺骨牌效应。 参见： http://www.baike.com/wiki/%E 阅读全文
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转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹 阅读全文
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1.收敛性测试 （1）由不同尺寸模型（不同的原子数）和E的关系曲线，再确定尺寸n*n*n； 2.优化结构（nve-nvt-npt） 系综的实现方式（相关命令）：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10808805.html； 三种系综都要设置，依次进行（nve-nvt-np 阅读全文
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log mmt.log #目前的笔记，正在studying，不一定全对 in文件很好解释的链接：https://www.docin.com/p-680967917.html # 一、初始化（边界条件）；前两行不要写东西，第一行默认，不用改echo screen #如果脚本有错误可以记录下来，可有可无 阅读全文
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转载自:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10817315.html 和 https://www.cnblogs.com/panscience/p/4953940.html lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及 阅读全文
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转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_64813e370100ngsz.html 注明：黄色部分基本上为不懂的部分，红色字体为所做注释 一、各种文件的介绍： 1 in file:建立该文件以便程序的写入 2 log file：写入状态信息（if the switch 阅读全文
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转载自：http://muchong.com/html/201411/8149677.html 写在开头：1.尽量列举了大部分（几乎）的命令2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的3.非斜命令是运行一个 常用 模拟所必备的4.命令顺序为一个基本的脚本文件命 阅读全文
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输出体系的整个带电量：measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件：pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量：measure sumweights 阅读全文
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转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w6xg.html 自我学习总结： 1、打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域。 2、围绕x轴旋转90：rotat x by 90 (或者rotat x t 阅读全文