2022年5月15日
lammps常见设置误区：“刚体”和“固定”命令分不清 （转摘）
摘要： 摘自：https://mp.weixin.qq.com/s/kJ1aNa77BLi4EdthEYVJSg （小马老师） 在lammps模拟中，有“刚体”和“固定”的设置，在平时咨询过程中，发现还有小伙伴对两者的区别分不大清楚。 在设置”刚体“的时候使用固定的命令，反之也有。 ”刚体“和”固定“的设置 阅读全文
posted @ 2022-05-15 22:12 一棵开花的树sysu 阅读(1478) 评论(0) 推荐(0) 编辑
“atoms are time integrated more than once”警告，常见三种原因及解决办法（原子多次积分）
摘要： 摘自：https://mp.weixin.qq.com/s/9AXfK4pttzhwZ3H7U-JIgw （小马老师） 本文介绍lammps in文件编写过程中一个常见的错误：重复积分。 分子动力学模拟的主要运算是原子的积分运算，通过求解积分方程得到原子的受力以及计算原子的速度，从而得出下一时刻原子 阅读全文
posted @ 2022-05-15 21:18 一棵开花的树sysu 阅读(475) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2022年1月30日
lammps教程：增加真空层、改变box尺寸，change_box三种用法详解
摘要： 摘自：https://mp.weixin.qq.com/s/qFQC7ZQJWGou9wD9WkziAQ 本文继续介绍lammps基本操作命令。 在lammps模拟中，所有的原子处在一个封闭的空间内，这个空间称为盒子（box）。 创建box有两种方法，一是在lammps中使用create_box命令 阅读全文
posted @ 2022-01-30 23:58 一棵开花的树sysu 阅读(4054) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年12月21日
in文件——group、msd、diff、vacf、rdf、chunk分层算density、输出xyz轨迹文件-带元素类型
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2021-12-21 01:13 一棵开花的树sysu 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年8月31日
计算原子的温度显示到ovito（lammps）、如何将三斜盒子变为正交盒子
摘要： ###############计算单个原子的温度#################compute KE pp ke/atomvariable KB equal 8.625e-5 # 玻尔兹曼常数，eV/K， 这个数要根据计算unit来确定，（1）如果是real单位，能量单位为kcal/mol，则KB 阅读全文
posted @ 2021-08-31 21:08 一棵开花的树sysu 阅读(529) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年6月23日
利用ovito来计算MSD
摘要： 1.python script： import numpy def modify(frame, data): # Access the per-particle displacement magnitudes computed by the # 'Displacement Vectors' modi 阅读全文
posted @ 2021-06-23 21:56 一棵开花的树sysu 阅读(3201) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年6月6日
in文件——蒙脱石和水盒子合并
摘要： # INITIALIZATION echo screen dimension 3boundary p p patom_style fullunits real # 变量定义 variable filename1 index mergevariable T0 equal 300 #初始温度设定为298 阅读全文
posted @ 2021-06-06 22:39 一棵开花的树sysu 阅读(335) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年6月5日
如何修改data文件中原子的序号
摘要： 问题：在MS软件导出car、mdf文件后，因为通过lammps的msi2lmp.exe所导出来的data文件，原子序号不按照我们所想要排列的顺序，如何修改？ 方法： 1.先打开car、mdf文件 2.直接通过复制、粘贴的方式，将想要排在最前边的原子的信息放在前边即可。 阅读全文
posted @ 2021-06-05 17:32 一棵开花的树sysu 阅读(1021) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年6月1日
in文件——生成水盒子的快捷方法、各种水分子参数spc、spc/e、tip4p等
摘要： 生成水盒子的in文件代码和data文件见以下链接： https://files.cnblogs.com/files/sysu/creat-water-box.zip?t=1698124054&download=true 1.in文件 # TIP4P/2005 water system variabl 阅读全文
posted @ 2021-06-01 19:41 一棵开花的树sysu 阅读(2859) 评论(2) 推荐(0) 编辑
2021年5月30日
linux执行不了shell脚本（如xxx.sh）-解决办法
摘要： https://blog.csdn.net/this_capslock/article/details/17415409 阅读全文
posted @ 2021-05-30 22:14 一棵开花的树sysu 阅读(947) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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