lammps的rerun命令使用——通过读取已跑完的轨迹文件，补充新的或者漏算的计算(rdf、msd、能量、力等),无需重跑计算

一、参考资料：

1. lammps已跑完，不想重跑，如何补充新的计算 （来自小马老师，https://mp.weixin.qq.com/s/pDWaxcdq75hmMOdbG9hSNQ ）

2.lammps通过rerun进行rdf分析，来自： https://zhuanlan.zhihu.com/p/524055663

3.lammps官网：https://docs.lammps.org/rerun.html

 

二、自己的算例

当lammps计算完后，我们发现遇到如下问题时：

（1）有些性质没有计算如rdf，MSD等

（2）想改变力场参数，进行能量，力计算。

可以通过rerun命令读取dump文件中原子的位置，进行rdf、MSD分析，能量计算，这样就不需要再重新进行计算了。

 

1.初始run.in（没有计算rdf、msd等）

 

2.基于初始run的轨迹文件01run.lammpstrj 的基础上补充想要计算和输出的内容，如rdf、msd、能量、力等，把最后一行的run语句改成rerun语句。建议写x y z vx vy vz，读入轨迹文件中原子的位置和速度。

 

#dump 2 all xyz ${interval} ${filename1}.xyz     #输出xyz格式的轨迹文件
#dump_modify 2 element  C H C C O C C O C O H H N

rerun 09epoxy-eq.lammpstrj   dump   x y z xv vy  vz 

 

3.完整的rerun.in文件

 

三、当前存在问题

通过对比了初始run和rerun的out文件，发现有以下问题：

1.其他能量和温度项十分接近，但是Press有所区别？

2.出现WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:780)。

3.RDF、能量等的计算结果没有问题，但是msd的计算有较大差别，具体原因还需要进一步分析。