如何将lammps轨迹文件导入VMD统计氢键
一、如果是在lammps跑计算之前，就考虑通过VMD来统计氢键，可以参照该链接 https://mp.weixin.qq.com/s/N2oqppbga00T4sN0ehu_7g，更加方便。
二、本内容主要讨论的是，已经跑完了计算，目前只有轨迹文件，而没有提前设置好元素类型（没有xyz文件），可以参照以下方法来统计氢键：
1.先转出xyz格式文件：将lammps的轨迹文件 xxx.lammpstrj 先导入ovito，然后修改各个原子类型的元素符号，如O、H、Si、Oh、Ho等，其中，为了区分不同的O，可以用S、F、N代替某一类氧，再导出xxx.xyz格式文件（File-export file--）。
导出xyz文件注意事项：
2.将xxx.xyz文件导入VMD软件，打开Extensions--TK Console，设置周期性。
（1）pbc set {40.6338 62.56 93.52} -all #创建一个盒子，该盒子的起始点坐标为（0,0,0），这里还有 -all：表示所有步都有box，不然只是当下这一步有box
（2）pbc box #显示盒子 pbc box -center com 表示盒子的质心与所有原子的质心重合
（3）set all [atomselect top all] #全选所有盒子，设置该组为all
（4）$all moveby {1.1287 0 0} #将所有原子往x方向移动1.1287，y和z移动0，移动多少根据自己体系的坐标的确定
（5）pbc wrap -all #将粒子折回盒子，考虑周期性（这一步很重要，考虑周期性必须要有）。 另外，如果是 pbc unwrap ----这是将此晶胞内原子去除周期性
3.统计氢键。（更多关于氢键的讨论看：https://www.cnblogs.com/sysu/p/17005442.html）
教程之Lammps输出轨迹用vmd后处理氢键：https://mp.weixin.qq.com/s/N2oqppbga00T4sN0ehu_7g
这里根据 Luzar的判别标准，建议Roo小于3.5A，角度α为30°的话，vmd中输入的β得是40.7°。
4.氢键有多种判定标准：一般有能量判定和几何判定等
Luzar发表了好几篇关于氢键的判别标准，角度的判别指的就是该图的α。而在vmd输入的是β。因此，还是需要进行换算。采用α为30°的话，vmd中输入的β得是40.7°。
文献：Luzar A, Chandler D. Effect of environment on hydrogen bond dynamics in liquid water[J]. Physical review letters, 1996,76(6):928-931.
（1）陈静, 潘章. 液态水体系间2种氢键判别标准的比较分析[J]. 分子科学学报, 2015,31(06):497-501.
该文献统计了多种判定标准，如下：
（2）LUZAR A, CHANDLER D. Structure and hydrogen bond dynamics of water-dimethyl sulfoxide mixtures by computer simulations[J]. The Journal of chemical physics, 1993,98(10):8160-8173.
该文献的判别标准考虑三个判别条件：Roo、Roh、角度。
另外，Luzar A, Chandler D. Effect of environment on hydrogen bond dynamics in liquid water[J]. Physical review letters, 1996,76(6):928-931.
该判别标准为：两个氧原子之间的长度小于3.5 A，角度O-H...O小于30°（该角度虽然写着O-H...O，但是经过检查该作者的文献后，实际上指的还是O...O-H）。
（参考文献：Effect of Environment on Hydrogen Bond Dynamics in Liquid Water）
（3）Martí J. Analysis of the hydrogen bonding and vibrational spectra of supercritical model water by molecular dynamics simulations[J]. Journal of Chemical Physics, 1999,110(14):6876-6886.
该文献介绍两种判别标准：几何、能量判别
