Atomsk的安装和使用

1.安装：

官网下载：https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php

2.cmd如何打开：按住“菜单”+R，再输入cmd，即可打开；

3.cd 进入装有Atomsk的文件夹，输入atomsk的相关命令即可。

 

学习资料：

1.b站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1pt4y1v78L

2.资料：https://download.csdn.net/download/qq_43191733/15685730?utm_medium=distribute.pc_relevant_download.none-task-download-2~default~BlogCommendFromBaidu~default-1.nonecase&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_download.none-task-download-2~default~BlogCommendFromBaidu~default-1.nonecase

 

 

 

4.生成多晶冰模型（注意符号，很严格，多一个或者少一个都不能运行）

atomsk Ih703459.cif -orthocell Ice_cell.xsf                 #单斜变为正交处理，盒子大小变化
lx=180      #生成盒子大小x、y、z
ly=180
lz=180
nx=2         #晶粒数2*2*2*原本元胞所含晶粒数，如果是2，则包含16个晶粒
ny=2
nz=2
sx=`echo "$lx/$nx" |bc`
sy=`echo "$ly/$ny" |bc`
sz=`echo "$lz/$nz" |bc`

echo "box $lx $ly $lz" >./01set
for ((i=0; i<nx; i++)) ; do
for ((j=0; j<ny; j++)) ; do
for ((k=0; k<nz; k++)) ; do
nodex0=`echo "$sx * ($i+0.25)" |bc`
nodex1=`echo "$sx * ($i+0.75)" |bc`
nodey0=`echo "$sy * ($j+0.25)" |bc`
nodey1=`echo "$sy * ($j+0.75)" |bc`
nodez0=`echo "$sz * ($k+0.25)" |bc`
nodez1=`echo "$sz * ($k+0.75)" |bc`
echo "node $nodex0 $nodey0 $nodez0 random" >>./01set          #随机数生成点
echo "node $nodex1 $nodey1 $nodez1 random" >>./01set
#echo "node $nodex1 $nodey0 $nodez1 random" >>./01set
#echo "node $nodex0 $nodey1 $nodez1 random" >>./01set
done
done
done

atomsk   --polycrystal Ice_cell.xsf 01set IcePoly.cfg -wrap
atomsk   IcePoly.cfg   lmp