如何用VMD将轨迹文件制作动画（转载）
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很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。
第一步： 提取轨迹。
往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。
第二步：导入轨迹
安装VMD，然后先导入十进制文件，再导入二进制轨迹文件（这些简单操作就带过了）。然后你就能看到轨迹了。要将轨迹做得美观点，一般有这样几个建议：1. 不要把VMD全屏，否则你会后悔的；2. 背景色相应进行调整；3. DisplayàAxesàoff去掉坐标系。接下来选择Extension à Visualization à Movie Maker，然后就会跳出一个VMD Movie Generator的小窗口。
第三步：设置参数
建议在空间大的盘里建立一个临时文件夹，路径名最好都是英文或者拉丁字符的，汉字VMD不认的。然后把working directory改成你刚刚新建的临时文件夹目录。Renderer选择Snapshot，Movie Setting改成Trajectory，format改成MPEG-1或者AVI（如果你有足够空间和时间的话）。其他参数按照自己的需求修改。此时点击Make Movie，整个过程就开始了。这里有个非常重要的东西要提醒：VMD是将视频一帧一桢形成图片格式输出，然后再在另一个软件中组成一个动画，因此图片就是你一会做动画的来源，既然图片选择snapshot（快照），那也就是说你必须将动画置于窗口，而不能最小化，否则相当于无法截屏了。
第四步：导出动画
安装VideoMach，然后打开选择FileàOpen Media Files，导入刚才VMD下存储图像的工作目录中的第一帧，然后会跳出一个选项，问你是不是要打开这一些列的图像，确定就可以了。然后你就保存成各种你想要的格式即可，AVI肯定是最大最慢的，一般都是wmv就可以，几乎所有的电脑都打得开，GIF是图片用来插入ppt是最佳选择。
参考资料：
1. http://free.activeclub.net/script/forum/view.asp?article_id=34495087
