R从3.5升级到3.6.3

这里介绍的就是R的一个包：installr。

installr {installr} R Documentation
Installing software from R
Description
Gives the user the option to download software from within R.
上面是installr的官方文档介绍。
接下来来讲所谓的一行代码更新R语言。
这里有两个注意点：
1.你的installr必须跟你的R版本对应，因为R语言默认安装的包都是适配最新的R语言版本。
2.使用installr更新R语言必须在管理员权限运行原生R里面，Rstudio里面无法进行（笔者没有尝试过其他R的IDE，有童鞋若有尝试也可以进行指正）。

#安装installr
install.packages（installr)
library(installr)
updater()#就是这句。真得劲。一键更新

这个方法的好处在于，你可以不用重新安装你已经有的包。可以完整保留。

注意：安装时如果提问是否安装需要编译的源代码包，最好选择否，因为安装源代码包速度很慢还有可能失败。

安装完installr包后可以看到RGui中出现了installr选项

注意：在下载完R新版本后，跳出安装程序，这里安装目录应该和你旧版本的R在一个目录下

可以看到R console提示框中显示I am now copying 203 packages from 旧的版本到新版本

等一会儿后。。。。。。。

出现所有包复制到新位置，然后把包从旧版本中移除等动作。。。。

到R-3.5.2中看到所有包到移动到了新位置library中

备注：更详细操作请看北大R教程中http://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/intro.html，内容如下：

1.3 R扩展软件包的安装与管理

1.3.1 安装

R有一万多个扩展软件包，提供了各种各样的功能。以安装sos包为例。sos包用来搜索某些函数的帮助文档。在RStudio中用“Tools”菜单的“Install Packages”安装，输入sos就可以安装该扩展包。

如果不用RStudio，在R图形界面选菜单“程序包-安装程序包”，在弹出的“CRAN mirror”选择窗口中选择一个中国的镜像如“China (Beijing 2)”，然后在弹出的“Packages”选择窗口中选择要安装的扩展软件包名称，即可完成下载和安装。

还可以用如下程序制定镜像网站(例子中是位于清华大学的镜像网站)并安装指定的扩展包：

options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("sos")

还可以选择扩展包的安装路径，如果权限允许，可以选择安装在R软件的主目录内或者用户自己的私有目录位置。由于用户的对子目录的读写权限问题，有时不允许一般用户安装扩展包到R的主目录中。用.libPaths()查看允许的扩展包安装位置，在install.packages()中用lib=指定安装位置：

print(.libPaths())
## [1] "D:/R/R-3.3.1/library"
install.packages("sos", lib=.libPaths()[1])

1.3.2 Github和BioConductor的扩展包

还有一些扩展包没有在CRAN系统提供，而是放在了Github网站。对于这样的包，安装方法举例如下：

if(!require(devtools)) install.packages('devtools')
devtools::install_github("kjhealy/socviz")

其中kjhealy是Github网站的某个作者的名称， socviz是该作者名下的一个R扩展包。

还有一些包需要从Bioconductor网站安装。示例如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("Biostrings"))

1.3.3 更新扩展包

在RStudio中用“Tools–Check for Package Updates”菜单，可以显示有新版本的扩展包，并选择进行更新。

或者在命令行用如下命令更新本地安装的所有有新版本的CRAN扩展包：

options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

RStudio在运行时会载入某些包，如rlang，这使得RStudio无法更新这些包，需要在R的命令行程序中更新。

1.3.4 迁移扩展包

在每一次R软件更新后，需要重新安装原来的软件包，这个过程很麻烦。如果仅仅是小的版本更新，比如从3.5.1变成3.5.2，或者从3.4.2变成3.5.0，可以在安装新版本后，临时将新版本的library子目录更名为library0，将老版本的library子目录剪切为新版本的library子目录，然后将library0中所有内容复制并覆盖进入library子目录，删除library0即可。然后在基本R中（不要用RStudio）运行如下命令以更新有新版本的包：

options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

如果版本改变比较大，可以用如下方法批量地重新安装原有的软件包。首先，在更新R软件前，在原来的R中运行：

packages <- .packages(TRUE)
dump("packages", file="packages-20180704.R") #将R包名称备份下来

这样可以获得要安装的软件包的列表。在更新R软件后，运行如下程序：

options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
source("packages-20180704.R") #放在你的电脑文档目录下
install.packages(packages)

安装时如果提问是否安装需要编译的源代码包，最好选择否，因为安装源代码包速度很慢还有可能失败。

1.3.5 项目私有扩展包目录

在使用了R一段较长时间以后，会安装了许多扩展包，这些扩展包在某个时期是有用的，但是一旦某个任务完成了就不再有用。但是，用户自己无法判断哪些包已经不需要。

R的renv扩展包支持每个项目保存私有的扩展包目录，这样，不同的项目使用不同的扩展包集合，不至于引发版本冲突，也不必总是为公用的R扩展包目录增加许多仅是短暂使用的扩展包。那些不需要安装许多扩展包的项目仍可以不启用renv，使用公用的R扩展包目录。

在生成新的RStudio项目时，可以点击选中“Use renv with this project”复选框；对已有的RStdio项目，如果要启用renv，可以选菜单“Tools – Project Options – Environment”，选中“Use renv with this project”复选框。

启用了renv的项目，在安装新的扩展包时，将安装在项目目录中，而不再修改R的公用的扩展包目录。这也有助于将项目迁移到其它计算机上。

posted @ 2019-01-02 15:37 mountain_sun 阅读(3602) 评论(0) 编辑收藏举报

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