R语言4文件读写

生信技能树R语言部分学习笔记

dir()   #列出工作目录下的文件
ls()    #列出环境中的变量

1. 认识csv格式

csv打开方式：
(1)默认excel
(2)记事本打开
(3)sublime（适用大文件）
(4)R语言读取：读进R语言之后的数据是一个数据框，可赋值，变量名与文件名无必然联系，对数据框进行的修改不会同步到表格文件。

2. 认识分隔符

常见分隔符：
逗号，
空格
制表符（\t）

CSV: Comma Separated Values
TSV: Tab Separated Values

后缀名没有意义，只是人为定义的格式后缀，约定俗成。在windows电脑上可以更好的绑定打开该文件的软件。

其本质都是纯文本文件。

3. 将表格文件读入R语言，成为数据框

read.csv()——通常读取csv格式
read.table()——通常读取txt格式

直接读取文件失败，就需要指定一些参数.
eg: read.table()中的header=T表示读取文件的列名，默认是header=F
read.csv()中header默认是T；
row.names = 1把第一列设置为行名；
check.names = F防止列名发生改变？
comment.char = "!"指出以什么字符开始的是文件的注释，这里指出以！开始的是注释

4. 将数据框导出，成为表格文件

(1) 导出为csv格式：write.csv()
write.csv(test, file="example.csv")
test是要导出的数据框的变量名，"example.csv"是导出到的文件名
write.table(test, file="example.csv", sep=',')与上面的方法等价

(2)导出txt格式：write.table()
write.table(test, file="example.txt")

处理数据流程：读取---->编辑修改---->导出
注意：最好不要覆盖原文件（让代码可重复，数据可重现）

5. R特有的数据格式：Rdata

• 是R语言特有的数据存储格式，无法用其他软件打开
• 保存的是变量，不是表格文件，所有不涉及赋值
• save()保存，load()加载

eg:

save(test, file="example.Rdata")
load("example.Rdata")

注意：save()中的形参file必须要写，保存多个变量的格式save(ex1, ex2, file="tempt.Rdata")

Rproject的组织形式：
(1)脚本(.R)
(2)数据(.Rdata)
(3)表格(.txt or .csv)

常见报错：找不到文件
可能的原因：
(1)原因1：文件没有存放于工作目录下（解决：Rproject）
(2)原因2：拼写错误(解决：用tab自动补齐)

注意：默认参数不适用于当前读取的文件也会报错

查看数据结构：class()
查看数据类型：str()

R语言能读取的文件格式
(1)通用格式
csv, xls, txt, tsv, json, pdf, spss...
(2)生信格式
fasta, fastq, bam, vcf, bed, gtf...

用于读取/导出文件的R包
(1)base包中
读取：read.table(), read.csv(), read.delim()
写入：write.table(), write.csv()
(2)readr包中
读取：read_table(), read_csv(), read_tsv()
写入：write_table(), write_csv()
(3)data.table包中
fread()
(4)rio包中
读取：import(), import_list()
写入：export()

library(rio)    #读取和输出xlsx文件非常好

x <- import("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv")   #按照后缀识别文件
View(x)

export(x,"ad.xlsx")

#import_list() 可以读取多个工作簿