R语言3函数与R包
生信技能树R语言部分学习笔记
学习用Rmarkdown来写代码，Rmarkdown可以将注释、代码、运行结构一起展示的一种工具。
1. 函数与参数
(1)形式参数与实际参数
函数括号里面等号前面的是形式参数，等号后面的是实际参数。形式参数是函数作者设计的，可以不写；实际参数是使用者可以更改的。
(2)写函数的函数
function(参数){函数主体}
Tips: 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环。
(3)默认参数
通常作者会设计很多参数，但是只有前几个是必须填的，其他的参数都有默认值。
2. R包(R package)介绍
程序包是什么？
R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。
也有的R包只有数据，没有函数
包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。
为什么要安装程序包？
特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。
例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。
3. R包来源
(1) CRAN网站
安装方法：install.packages()
(2) Bioconductor(生信方面的包)
安装方法：BiocManager::install()
(3) github
安装方法：devtools::install_github()
#括号里写作者用户名加包名
devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
#网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装
devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade
= F)
问题：CRAN、Bionconductor的R包本地安装方式？
4. 用于R包安装的函数
判断从哪里来/怎么安
CRAN: install.packages()
Bionconductor: BiocManager::install()
Github:devtools::install_github()
安装后加载
library(),require()
安装的时候包的名字需要加引号，加载的时候不需要引号。
5.（国内）R包安装前需要设置镜像
5.1 常用镜像
国内镜像：清华镜像，中科大镜像
要分别设置CRAN和Bioconductor的镜像，在RStudio中修改的是CRAN的镜像。
清华镜像(tuna,Beijing)
CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Bioconductor: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor
中科大镜像(ustc, Hefei)
CRAN: https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
5.2 如何设置镜像
方法1：tools--global option-packages
方法2：代码设置
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
6. R包安装和使用的逻辑
(1)安装包---> 加载包 ---> 使用包里的函数
library()是检查是否安装成功的标准
(2)已安装、不加载，直接使用
BiocManager::install()
dplyr::filter()
包名::函数名，表示显示的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。
7.常见疑问
(1)大片提示信息
检查是否有error，没有就忽略
(2)package not available
可能的原因：
原因1：包名写错
原因2：安装命令使用错误
原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）
(3)是否更新？
懒惰策略，能不更新就不更新，除非一直报错。如果不想回答：安装命令加上参数：update=F,ask=F
(4)加载A包，报错B包不存在
问是否更新的、“不存在”的是依赖包
先安装要求的包（B包），然后再安装A包
(5)报错中有connection或url、404、http
切换镜像，检查网络连接。如果都没有问题，运行
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
再重新下载。
当安装一个包时，如果直接使用install.packages()，则不管是否已经安装这个包，都会重新安装该包，较好的安装方式是判断式安装：
if(!require(stringr)) install.packages("stringr")
如果已经安装，则require(stringr)返回TRUE，于是！require(stringr)为FALSE，不执行后面的安装，同时加载已经安装的stringr包。
如果没有安装，则require(stringr)返回FALSE，于是！require(stringr)为TRUE，执行后面的安装操作。
8. R包如何使用——获取帮助
(1)快速查看函数帮助文档
?max或者help("max")
看描述/参数/实例
example(seq)
(2)找R包介绍页面(必应直接搜/CRAN/Bioconductor)
(3)少数R包有cheatsheets
eg:dplyr, tidyr
browseVignettes("clusterProfiler") 查看网页版说明书
is("package:clusterProfiler") 列出某个包里所有的函数
str()查看数据类型，class()查看数据结构
