scRNA-seq数据获得（R包scRNAseq）

R bioconductor中的scRNAseq数据包是专门提供scRNA-seq数据的包。

1.Introduction

scRNA-seq包提供了一个方便的途径来获得公开的数据集，这些数据集是以SingleCellExperiment
格式存储的。

library(SingleCellExperiment)
library(scRNAseq)
fluidigm <- ReprocessedFluidigmData()
fluidigm

查看表达数据矩阵：

assay(fluidigm)

2. Available data sets

可获得的数据集可以分为两类，第一类包含表达矩阵，由scRNAseq作者从每个实验得到的原始
测序数据产生的，这些包括：

• ReprocessedFluidigmData()包含65个细胞来自Pollen et al. (2014).
• ReprocessedTh2Data()提供96个T helper cells from Mahata et al. (2014).
• ReprocessedAllenData()提供379个来自小鼠视觉皮层的细胞，这是来自Tasic et al. (2016)
  的数据集的子集。
  第二类包含表达矩阵是有每个研究的作者提供。除了在计数矩阵和样本元数据之间进行一些交叉检查以外，没有执行其他任何处理。
  
  
  

3. Adding new data sets

暂时用不上，略