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作者按 本章节主要讲解了不基于RNA速率的三种拟时序模型的代表算法，包括扩散时间，Slingshot，Palantir，VIA等，并简单介绍了细胞的状态转移。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 5000|10min ——Starlitnightly（ 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:27
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作者按 国内对于单细胞测序相关的中文教程确实不够全面，当然NCBI官网给的上传教程也比较详细了，所以变成了会者不难。本教程你现在可能用不上，但是你如果做单细胞测序，那么未来你一定会用上，建议收藏。 在这里，我们将演示如何将测序文件完整上传到NCBI上。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可， 阅读全文
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作者按 本章节主要讲解了干预（不同处理）的单细胞数据的正确分析方法，讲解了干预分析与差异表达分析，细胞组成分析的区别，并介绍了查找受扰动影响最大的细胞类型以及预测单细胞对扰动的转录反应的干预分析方法。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 5000|10 阅读全文
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作者按 本章节主要讲解了单细胞数据的细胞组成（比例）的分析方法，讲解了为什么直接分析比例不行的原因与例子，并介绍了“有标签”，“有标签有层次”，“无标签”三个维度的细胞组成分析方法。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 5000|10min ——Sta 阅读全文
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作者按 本章节主要讲解了单细胞数据的差异表达基因分析方法，详细对比了ttest与DEseq2在所有细胞进行差异表达分析的异同，以及为什么要使用元细胞分析的原因。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 3000|5min ——Starlitnightly（ 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:25
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作者按 本章节主要讲解了基于transformer的迁移注释方法TOSICA，该算法在迁移注释上达到了SOTA的水平，在注释这么卷的赛道愣是杀出了一条血路。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 3000|3min ——Starlitnightly（星夜 阅读全文
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作者按 本章节主要讲解了基于大模型的自动注释方法，包括CellTypist(发表在Science)和MetaTiME(发表在Nature communication)，一个通用，一个泛癌专用。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 3000|3min — 阅读全文
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作者按 本章节主要讲解了基于marker的自动注释方法，一般来说，我会先自动注释，再手动去确认marker，这是因为，对于一个陌生的组织，我对marker是不了解的，自动注释可以帮助我快速熟悉细胞类型。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 5000|5 阅读全文
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作者按 本教程将是本系列教程中比较有趣的一章，对于大型的单细胞测序项目来说，数据整合也是不可或缺的一个步骤。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 5000|5min ——Starlitnightly 区别于我们以往所学的数据整合，在单细胞测序领域，数据 阅读全文
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作者按 本教程将是本系列教程中最重要的一章，我们后续所有的单细胞分析，都要基于准确的细胞类型注释。本系列教程首发于“[单细胞最好的中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs)”，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 4500|5min ——Starli 阅读全文
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