从TCGA数据库官网下载数据

TCGA数据库 是 生物信息分析经常需要用到的数据库，今天学习了一下怎么在其官网上下载数据集

以下以下载肾上腺皮质癌患者的miRNA表达数据为例，来讲解具体的过程

第一步，打开TCGA网址：https://portal.gdc.cancer.gov

 

第二步，点击导航栏最右侧的 Repository，进入仓库

 

第三步，点击左侧导航栏的 Cases后，找到 Program项目中的 TCGA，再找到 Project 中的ACC

 

 第四步，点击左侧导航栏的 Files后，按照下图所示，分别选择选项

 

 此时，我们会看见我们所选择的筛选条件显示在右侧，并且也能看到一共有80个病例的80个文件。

 

第五步，将所有的文件添加至购物车

 

 此时右上角的购物车图标就会显示现在的文件数量，我们点击这个图标，进入购物车

 

第六步，正式开始下载文件啦。

因为文件大小的原因，如果文件大小没有达到限制的大小，那么就可以直接下载，否则就需要下载官方的下载器来下载。

直接下载：点击 Download --> Cart

 

 官方下载器下载：

首先，下载官方下载器：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool；往下拉，找到下载位置，直接下载即可

 

下载后，我的放置位置如下图，这个很重要

 

 

其次，回到TCGA购物车页面，下载目录文件，这个可以直接下载的，然后也要记住放置位置

最后，打开cmd，使用命令行来下载文件就可以了，具体的参考 https://blog.csdn.net/weixin_42512684/article/details/89415482（好累，最后放一张最重要的图，其他的就不写了）

 

 

 

 如果gdc-client的保存路径没有配置到环境变量，那么命令行里需要使用绝对路径