摘要：
HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的，是Linux command line based。HOMER 这个软件是一个大杂烩，能解决几乎所有的高通量测序数据的分析。（这里，我们仅仅是介绍Motif查找这个功能） 1.HOMER软件 阅读全文
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如何极大减少Seurat对象保存时间 Seurat R 包无疑目前大家进行单细胞分析最长用的包之一，Seurat分析时将每一步结果都存在了Seurat 对象的不同slots中，好处是计算的所有信息得以保留，然而同时也会造成文件过大，难以保存和读取。对于2万个细胞以下也许不成问题，但当细胞数超过10万 阅读全文
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基于ggpubr包为ggplot添加p值和显著性标记 这篇文章我们将讲述 如何简单比较两组或多组的平均值 如何自动化为ggplot添加p值和显著性标记，包括箱线图、点图、条形图、线图等等 准备 安装和导入所需要的R包 需要R包ggpubr，版本>0.1.3，该包提供了基于ggplot2包的论文发表级 阅读全文
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StackedVlnPlot Demo data The scRNA-seq demo data (*rds) files are available in the data folder of this repository. With Seurat Stacked violin plot fun 阅读全文
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加载或者安装R包 stringr，stringr时报错如下 libicui18n.so.64 找不到 加载： library(stringi)Error: package or namespace load failed for ‘stringi’ in dyn.load(file, DLLpath 阅读全文
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R package sf, install.packages("sf") ERROR * installing *source* package ‘sf’ ... ** package ‘sf’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using 阅读全文
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Endnote 插入文献时显示 无法编辑range - “Cannot edit range 问题描述如上，在Word中用Endnote插入引文时，弹出“无法编辑range”的错误。 在网上搜到了很多答案，且所有答案惊人的一致！！具体如下 “关闭任何启动宏的word文件（如，国自然的标书模板）； 重 阅读全文
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Endonote 导入enw文件无响应及解决方法 今天在修改硕士毕业论文的时候发现，有些文献是在endnote上在线所搜不到的，必须自行在pubmed上搜到后，下载保存为.enw文件。但是通过在endnote上导入.ENW文件却发现没有反应不会出现新导入组，如下图 ，但导入后没有出现imported 阅读全文
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[tcl] grab failed: window not viewable，Linux 上安装 R包时提示窗口抓取失败！ 安装R时提示选择镜像，或者用chooseCRANmirror() 选择镜像时，提示如下 Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, 阅读全文
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在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat 2 和 Seurat 3 Seurat 作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正 阅读全文