摘要：
将 Cromwell 和 Volcano 在 Kubernetes 集群中集成，使用 Volcano 作为 Cromwell 调度器，涉及到在Kubernetes集群上安装和配置这两个系统以及确保它们能够无缝协作。 以下是一个基于理解和实际操作经验的概括步骤，旨在指导如何进行这一集成： 步骤 1: 阅读全文
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在 Windows 系统中，网盘加密工具 Cryptomator 软件界面显示正常，但托盘菜单出现中文乱码方框，该怎么解决？ 首先，用记事本或者 Sublime Text 程序打开 Cryptmoator 安装目录中的 app 文件夹里的 Cryptomator.cfg 文件进行编辑。如果是默认的安 阅读全文
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如果只有SNP的染色体和物理位置信息，该如何批量转换得到 rs ID？ 思路非常简单，只需要下载 dbSNP 的参考文件，根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。 下面列举两个例子。 重命名 PLINK 文件 SNP 名字 第一个例子是 PLINK 格式的文件，要把 .bim 文件中的 阅读全文
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在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上，我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务，把计算任务投递到计算节点中运算。如果你想在集群上使用 Jupyter Lab 或者 Jupyter Notebook，该怎么办？ 思路其实非常简单，可以先用 qsub 命令投递一个交互式任务，然后在交互式 s 阅读全文
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R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据，需要等很长时间。 在需要读取大文件时，尤其读取列数特别多的文件，不妨试试 data.table 包（https://cran.r-project.org/web/packages/data.table 阅读全文
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Haplotype-based GWAS（单倍型全基因组关联分析）是基于 haplotype （单倍型）进行的关联分析，在基因组层面寻找与表型相关的变异。 Haplotype 是由一条染色体或线粒体上紧密连锁的多个等位基因组合形成, 每一种组合方式即为一种 haplotype。比如，上图中有 3 个 阅读全文
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早上收到邮件，HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是，系统还得手动安装： This server comes installed without an OS due to the disk size. You will have to mount an ISO, change 阅读全文
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该选择多少个主成分 群体结构（population structure），或者说群体分层（population stratification），是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因频率的系统差异。这种系统差异，是全基因组关联研究（GWAS）中影响非常大的混淆变量，可以造成非常大的假 阅读全文
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狗是第一个被驯化的动物，可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过，狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究，但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖，有些问题依旧未能解决。 化石 DNA 是研究起源问题非常好的材料。不过，众所周知，在古代化石中测出全基因组序列是一件很困难的事情。以前只有 阅读全文
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在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包，速度估计会抓狂，说不定还总是失败。 解决方法很简单，只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般是清华或者中科大源。不过，由于授权问题，中科大的 Anaconda 源已经停止服务。目前可以使用用清华或者北外的源。 添加清华 阅读全文